Datasets:

---

jqop

/

python-code-dataset

like 0

[ "def", "click_field", "(", "self", ",", "move_x", ",", "move_y", ")", ":", "field_status", "=", "self", ".", "info_map", "[", "move_y", ",", "move_x", "]", "# can only click blank region", "if", "field_status", "==", "11", ":", "if", "self", ".", "mine_map", "[", "move_y", ",", "move_x", "]", "==", "1", ":", "self", ".", "info_map", "[", "move_y", ",", "move_x", "]", "=", "12", "else", ":", "# discover the region.", "self", ".", "discover_region", "(", "move_x", ",", "move_y", ")" ]

[ "Click", "one", "grid", "by", "given", "position", "." ]

[ "def", "discover_region", "(", "self", ",", "move_x", ",", "move_y", ")", ":", "field_list", "=", "deque", "(", "[", "(", "move_y", ",", "move_x", ")", "]", ")", "while", "len", "(", "field_list", ")", "!=", "0", ":", "field", "=", "field_list", ".", "popleft", "(", ")", "(", "tl_idx", ",", "br_idx", ",", "region_sum", ")", "=", "self", ".", "get_region", "(", "field", "[", "1", "]", ",", "field", "[", "0", "]", ")", "if", "region_sum", "==", "0", ":", "self", ".", "info_map", "[", "field", "[", "0", "]", ",", "field", "[", "1", "]", "]", "=", "region_sum", "# get surrounding to queue", "region_mat", "=", "self", ".", "info_map", "[", "tl_idx", "[", "0", "]", ":", "br_idx", "[", "0", "]", "+", "1", ",", "tl_idx", "[", "1", "]", ":", "br_idx", "[", "1", "]", "+", "1", "]", "x_list", ",", "y_list", "=", "np", ".", "nonzero", "(", "region_mat", "==", "11", ")", "for", "x_idx", ",", "y_idx", "in", "zip", "(", "x_list", ",", "y_list", ")", ":", "field_temp", "=", "(", "x_idx", "+", "max", "(", "field", "[", "0", "]", "-", "1", ",", "0", ")", ",", "y_idx", "+", "max", "(", "field", "[", "1", "]", "-", "1", ",", "0", ")", ")", "if", "field_temp", "not", "in", "field_list", ":", "field_list", ".", "append", "(", "field_temp", ")", "elif", "region_sum", ">", "0", ":", "self", ".", "info_map", "[", "field", "[", "0", "]", ",", "field", "[", "1", "]", "]", "=", "region_sum" ]

[ "Discover", "region", "from", "given", "location", "." ]

[ "def", "get_region", "(", "self", ",", "move_x", ",", "move_y", ")", ":", "top_left", "=", "(", "max", "(", "move_y", "-", "1", ",", "0", ")", ",", "max", "(", "move_x", "-", "1", ",", "0", ")", ")", "bottom_right", "=", "(", "min", "(", "move_y", "+", "1", ",", "self", ".", "board_height", "-", "1", ")", ",", "min", "(", "move_x", "+", "1", ",", "self", ".", "board_width", "-", "1", ")", ")", "region_sum", "=", "self", ".", "mine_map", "[", "top_left", "[", "0", "]", ":", "bottom_right", "[", "0", "]", "+", "1", ",", "top_left", "[", "1", "]", ":", "bottom_right", "[", "1", "]", "+", "1", "]", ".", "sum", "(", ")", "return", "top_left", ",", "bottom_right", ",", "region_sum" ]

[ "Get", "region", "around", "a", "location", "." ]

[ "def", "flag_field", "(", "self", ",", "move_x", ",", "move_y", ")", ":", "field_status", "=", "self", ".", "info_map", "[", "move_y", ",", "move_x", "]", "# a questioned or undiscovered field", "if", "field_status", "!=", "9", "and", "(", "field_status", "==", "10", "or", "field_status", "==", "11", ")", ":", "self", ".", "info_map", "[", "move_y", ",", "move_x", "]", "=", "9" ]

[ "Flag", "a", "grid", "by", "given", "position", "." ]

[ "def", "unflag_field", "(", "self", ",", "move_x", ",", "move_y", ")", ":", "field_status", "=", "self", ".", "info_map", "[", "move_y", ",", "move_x", "]", "if", "field_status", "==", "9", "or", "field_status", "==", "10", ":", "self", ".", "info_map", "[", "move_y", ",", "move_x", "]", "=", "11" ]

[ "Unflag", "or", "unquestion", "a", "grid", "by", "given", "position", "." ]

[ "def", "question_field", "(", "self", ",", "move_x", ",", "move_y", ")", ":", "field_status", "=", "self", ".", "info_map", "[", "move_y", ",", "move_x", "]", "# a questioned or undiscovered field", "if", "field_status", "!=", "10", "and", "(", "field_status", "==", "9", "or", "field_status", "==", "11", ")", ":", "self", ".", "info_map", "[", "move_y", ",", "move_x", "]", "=", "10" ]

[ "Question", "a", "grid", "by", "given", "position", "." ]

[ "def", "check_board", "(", "self", ")", ":", "num_mines", "=", "np", ".", "sum", "(", "self", ".", "info_map", "==", "12", ")", "num_undiscovered", "=", "np", ".", "sum", "(", "self", ".", "info_map", "==", "11", ")", "num_questioned", "=", "np", ".", "sum", "(", "self", ".", "info_map", "==", "10", ")", "if", "num_mines", ">", "0", ":", "return", "0", "elif", "np", ".", "array_equal", "(", "self", ".", "info_map", "==", "9", ",", "self", ".", "mine_map", ")", ":", "return", "1", "elif", "num_undiscovered", ">", "0", "or", "num_questioned", ">", "0", ":", "return", "2" ]

[ "Check", "the", "board", "status", "and", "give", "feedback", "." ]

[ "def", "board_msg", "(", "self", ")", ":", "board_str", "=", "\"s\\t\\t\"", "for", "i", "in", "xrange", "(", "self", ".", "board_width", ")", ":", "board_str", "+=", "str", "(", "i", ")", "+", "\"\\t\"", "board_str", "=", "board_str", ".", "expandtabs", "(", "4", ")", "+", "\"\\n\\n\"", "for", "i", "in", "xrange", "(", "self", ".", "board_height", ")", ":", "temp_line", "=", "str", "(", "i", ")", "+", "\"\\t\\t\"", "for", "j", "in", "xrange", "(", "self", ".", "board_width", ")", ":", "if", "self", ".", "info_map", "[", "i", ",", "j", "]", "==", "9", ":", "temp_line", "+=", "\"@\\t\"", "elif", "self", ".", "info_map", "[", "i", ",", "j", "]", "==", "10", ":", "temp_line", "+=", "\"?\\t\"", "elif", "self", ".", "info_map", "[", "i", ",", "j", "]", "==", "11", ":", "temp_line", "+=", "\"*\\t\"", "elif", "self", ".", "info_map", "[", "i", ",", "j", "]", "==", "12", ":", "temp_line", "+=", "\"!\\t\"", "else", ":", "temp_line", "+=", "str", "(", "self", ".", "info_map", "[", "i", ",", "j", "]", ")", "+", "\"\\t\"", "board_str", "+=", "temp_line", ".", "expandtabs", "(", "4", ")", "+", "\"\\n\"", "return", "board_str" ]

[ "Structure", "a", "board", "as", "in", "print_board", "." ]

[ "def", "report_response", "(", "response", ",", "request_headers", "=", "True", ",", "request_body", "=", "True", ",", "response_headers", "=", "False", ",", "response_body", "=", "False", ",", "redirection", "=", "False", ")", ":", "# https://docs.python.org/3/library/string.html#formatstrings", "url", "=", "'Url: [{method}]{url} {status} {elapsed:.2f}ms'", ".", "format", "(", "method", "=", "response", ".", "request", ".", "method", ",", "url", "=", "response", ".", "url", ",", "status", "=", "response", ".", "status_code", ",", "elapsed", "=", "response", ".", "elapsed", ".", "total_seconds", "(", ")", "*", "1000", ")", "pieces", "=", "[", "url", "]", "if", "request_headers", ":", "request_headers", "=", "'Request headers: {request_headers}'", ".", "format", "(", "request_headers", "=", "response", ".", "request", ".", "headers", ")", "pieces", ".", "append", "(", "request_headers", ")", "if", "request_body", ":", "request_body", "=", "'Request body: {request_body}'", ".", "format", "(", "request_body", "=", "response", ".", "request", ".", "body", ")", "pieces", ".", "append", "(", "request_body", ")", "if", "response_headers", ":", "response_headers", "=", "'Response headers: {response_headers}'", ".", "format", "(", "response_headers", "=", "response", ".", "headers", ")", "pieces", ".", "append", "(", "response_headers", ")", "if", "response_body", ":", "response_body", "=", "'Response body: {response_body}'", ".", "format", "(", "response_body", "=", "response", ".", "text", ")", "pieces", ".", "append", "(", "response_body", ")", "reporter", "=", "'\\n'", ".", "join", "(", "pieces", ")", "if", "redirection", "and", "response", ".", "history", ":", "for", "h", "in", "response", ".", "history", "[", ":", ":", "-", "1", "]", ":", "redirect_reporter", "=", "report_response", "(", "h", ",", "request_headers", ",", "request_body", ",", "response_headers", ",", "response_body", ",", "redirection", "=", "False", ")", "reporter", "=", "'\\n'", ".", "join", "(", "[", "redirect_reporter", ",", "' Redirect ↓ '.c", "e", "nter(7", "2", ", ", "'", "'),", " ", "r", "porter])", "", "", "return", "reporter" ]

[ "生成响应报告" ]

[ "def", "init_ui", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "control_layout", "=", "QHBoxLayout", "(", ")", "self", ".", "setLayout", "(", "self", ".", "control_layout", ")", "self", ".", "reset_button", "=", "QPushButton", "(", ")", "self", ".", "reset_button", ".", "setFixedSize", "(", "40", ",", "40", ")", "self", ".", "reset_button", ".", "setIcon", "(", "QtGui", ".", "QIcon", "(", "WIN_PATH", ")", ")", "self", ".", "game_timer", "=", "QLCDNumber", "(", ")", "self", ".", "game_timer", ".", "setStyleSheet", "(", "\"QLCDNumber {color: red;}\"", ")", "self", ".", "game_timer", ".", "setFixedWidth", "(", "100", ")", "self", ".", "move_counter", "=", "QLCDNumber", "(", ")", "self", ".", "move_counter", ".", "setStyleSheet", "(", "\"QLCDNumber {color: red;}\"", ")", "self", ".", "move_counter", ".", "setFixedWidth", "(", "100", ")", "self", ".", "control_layout", ".", "addWidget", "(", "self", ".", "game_timer", ")", "self", ".", "control_layout", ".", "addWidget", "(", "self", ".", "reset_button", ")", "self", ".", "control_layout", ".", "addWidget", "(", "self", ".", "move_counter", ")" ]

[ "Setup", "control", "widget", "UI", "." ]

[ "def", "init_ui", "(", "self", ")", ":", "board_width", "=", "self", ".", "ms_game", ".", "board_width", "board_height", "=", "self", ".", "ms_game", ".", "board_height", "self", ".", "create_grid", "(", "board_width", ",", "board_height", ")", "self", ".", "time", "=", "0", "self", ".", "timer", "=", "QtCore", ".", "QTimer", "(", ")", "self", ".", "timer", ".", "timeout", ".", "connect", "(", "self", ".", "timing_game", ")", "self", ".", "timer", ".", "start", "(", "1000", ")" ]

[ "Init", "game", "interface", "." ]

[ "def", "create_grid", "(", "self", ",", "grid_width", ",", "grid_height", ")", ":", "self", ".", "grid_layout", "=", "QGridLayout", "(", ")", "self", ".", "setLayout", "(", "self", ".", "grid_layout", ")", "self", ".", "grid_layout", ".", "setSpacing", "(", "1", ")", "self", ".", "grid_wgs", "=", "{", "}", "for", "i", "in", "xrange", "(", "grid_height", ")", ":", "for", "j", "in", "xrange", "(", "grid_width", ")", ":", "self", ".", "grid_wgs", "[", "(", "i", ",", "j", ")", "]", "=", "FieldWidget", "(", ")", "self", ".", "grid_layout", ".", "addWidget", "(", "self", ".", "grid_wgs", "[", "(", "i", ",", "j", ")", "]", ",", "i", ",", "j", ")" ]

[ "Create", "a", "grid", "layout", "with", "stacked", "widgets", "." ]

[ "def", "timing_game", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "ctrl_wg", ".", "game_timer", ".", "display", "(", "self", ".", "time", ")", "self", ".", "time", "+=", "1" ]

[ "Timing", "game", "." ]

[ "def", "reset_game", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "ms_game", ".", "reset_game", "(", ")", "self", ".", "update_grid", "(", ")", "self", ".", "time", "=", "0", "self", ".", "timer", ".", "start", "(", "1000", ")" ]

[ "Reset", "game", "board", "." ]

[ "def", "update_grid", "(", "self", ")", ":", "info_map", "=", "self", ".", "ms_game", ".", "get_info_map", "(", ")", "for", "i", "in", "xrange", "(", "self", ".", "ms_game", ".", "board_height", ")", ":", "for", "j", "in", "xrange", "(", "self", ".", "ms_game", ".", "board_width", ")", ":", "self", ".", "grid_wgs", "[", "(", "i", ",", "j", ")", "]", ".", "info_label", "(", "info_map", "[", "i", ",", "j", "]", ")", "self", ".", "ctrl_wg", ".", "move_counter", ".", "display", "(", "self", ".", "ms_game", ".", "num_moves", ")", "if", "self", ".", "ms_game", ".", "game_status", "==", "2", ":", "self", ".", "ctrl_wg", ".", "reset_button", ".", "setIcon", "(", "QtGui", ".", "QIcon", "(", "CONTINUE_PATH", ")", ")", "elif", "self", ".", "ms_game", ".", "game_status", "==", "1", ":", "self", ".", "ctrl_wg", ".", "reset_button", ".", "setIcon", "(", "QtGui", ".", "QIcon", "(", "WIN_PATH", ")", ")", "self", ".", "timer", ".", "stop", "(", ")", "elif", "self", ".", "ms_game", ".", "game_status", "==", "0", ":", "self", ".", "ctrl_wg", ".", "reset_button", ".", "setIcon", "(", "QtGui", ".", "QIcon", "(", "LOSE_PATH", ")", ")", "self", ".", "timer", ".", "stop", "(", ")" ]

[ "Update", "grid", "according", "to", "info", "map", "." ]

[ "def", "init_ui", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "id", "=", "11", "self", ".", "setFixedSize", "(", "self", ".", "field_width", ",", "self", ".", "field_height", ")", "self", ".", "setPixmap", "(", "QtGui", ".", "QPixmap", "(", "EMPTY_PATH", ")", ".", "scaled", "(", "self", ".", "field_width", "*", "3", ",", "self", ".", "field_height", "*", "3", ")", ")", "self", ".", "setStyleSheet", "(", "\"QLabel {background-color: blue;}\"", ")" ]

[ "Init", "the", "ui", "." ]

[ "def", "mousePressEvent", "(", "self", ",", "event", ")", ":", "if", "event", ".", "button", "(", ")", "==", "QtCore", ".", "Qt", ".", "LeftButton", ":", "# get label position", "p_wg", "=", "self", ".", "parent", "(", ")", "p_layout", "=", "p_wg", ".", "layout", "(", ")", "idx", "=", "p_layout", ".", "indexOf", "(", "self", ")", "loc", "=", "p_layout", ".", "getItemPosition", "(", "idx", ")", "[", ":", "2", "]", "if", "p_wg", ".", "ms_game", ".", "game_status", "==", "2", ":", "p_wg", ".", "ms_game", ".", "play_move", "(", "\"click\"", ",", "loc", "[", "1", "]", ",", "loc", "[", "0", "]", ")", "p_wg", ".", "update_grid", "(", ")", "elif", "event", ".", "button", "(", ")", "==", "QtCore", ".", "Qt", ".", "RightButton", ":", "p_wg", "=", "self", ".", "parent", "(", ")", "p_layout", "=", "p_wg", ".", "layout", "(", ")", "idx", "=", "p_layout", ".", "indexOf", "(", "self", ")", "loc", "=", "p_layout", ".", "getItemPosition", "(", "idx", ")", "[", ":", "2", "]", "if", "p_wg", ".", "ms_game", ".", "game_status", "==", "2", ":", "if", "self", ".", "id", "==", "9", ":", "self", ".", "info_label", "(", "10", ")", "p_wg", ".", "ms_game", ".", "play_move", "(", "\"question\"", ",", "loc", "[", "1", "]", ",", "loc", "[", "0", "]", ")", "p_wg", ".", "update_grid", "(", ")", "elif", "self", ".", "id", "==", "11", ":", "self", ".", "info_label", "(", "9", ")", "p_wg", ".", "ms_game", ".", "play_move", "(", "\"flag\"", ",", "loc", "[", "1", "]", ",", "loc", "[", "0", "]", ")", "p_wg", ".", "update_grid", "(", ")", "elif", "self", ".", "id", "==", "10", ":", "self", ".", "info_label", "(", "11", ")", "p_wg", ".", "ms_game", ".", "play_move", "(", "\"unflag\"", ",", "loc", "[", "1", "]", ",", "loc", "[", "0", "]", ")", "p_wg", ".", "update_grid", "(", ")" ]

[ "Define", "mouse", "press", "event", "." ]

[ "def", "info_label", "(", "self", ",", "indicator", ")", ":", "if", "indicator", "in", "xrange", "(", "1", ",", "9", ")", ":", "self", ".", "id", "=", "indicator", "self", ".", "setPixmap", "(", "QtGui", ".", "QPixmap", "(", "NUMBER_PATHS", "[", "indicator", "]", ")", ".", "scaled", "(", "self", ".", "field_width", ",", "self", ".", "field_height", ")", ")", "elif", "indicator", "==", "0", ":", "self", ".", "id", "==", "0", "self", ".", "setPixmap", "(", "QtGui", ".", "QPixmap", "(", "NUMBER_PATHS", "[", "0", "]", ")", ".", "scaled", "(", "self", ".", "field_width", ",", "self", ".", "field_height", ")", ")", "elif", "indicator", "==", "12", ":", "self", ".", "id", "=", "12", "self", ".", "setPixmap", "(", "QtGui", ".", "QPixmap", "(", "BOOM_PATH", ")", ".", "scaled", "(", "self", ".", "field_width", ",", "self", ".", "field_height", ")", ")", "self", ".", "setStyleSheet", "(", "\"QLabel {background-color: black;}\"", ")", "elif", "indicator", "==", "9", ":", "self", ".", "id", "=", "9", "self", ".", "setPixmap", "(", "QtGui", ".", "QPixmap", "(", "FLAG_PATH", ")", ".", "scaled", "(", "self", ".", "field_width", ",", "self", ".", "field_height", ")", ")", "self", ".", "setStyleSheet", "(", "\"QLabel {background-color: #A3C1DA;}\"", ")", "elif", "indicator", "==", "10", ":", "self", ".", "id", "=", "10", "self", ".", "setPixmap", "(", "QtGui", ".", "QPixmap", "(", "QUESTION_PATH", ")", ".", "scaled", "(", "self", ".", "field_width", ",", "self", ".", "field_height", ")", ")", "self", ".", "setStyleSheet", "(", "\"QLabel {background-color: yellow;}\"", ")", "elif", "indicator", "==", "11", ":", "self", ".", "id", "=", "11", "self", ".", "setPixmap", "(", "QtGui", ".", "QPixmap", "(", "EMPTY_PATH", ")", ".", "scaled", "(", "self", ".", "field_width", "*", "3", ",", "self", ".", "field_height", "*", "3", ")", ")", "self", ".", "setStyleSheet", "(", "'QLabel {background-color: blue;}'", ")" ]

[ "Set", "info", "label", "by", "given", "settings", "." ]

[ "def", "run", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_accept", "(", ")", "while", "True", ":", "data", "=", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_receive", "(", ")", "if", "data", "==", "\"help\\n\"", ":", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_help", "(", ")", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_send", "(", "\"> \"", ")", "elif", "data", "==", "\"exit\\n\"", ":", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_close", "(", ")", "elif", "data", "==", "\"print\\n\"", ":", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_send", "(", "self", ".", "ms_game", ".", "get_board", "(", ")", ")", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_send", "(", "\"> \"", ")", "elif", "data", "==", "\"\"", ":", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_send", "(", "\"> \"", ")", "else", ":", "self", ".", "transfer", ".", "emit", "(", "data", ")", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_send", "(", "\"> \"", ")", "if", "self", ".", "ms_game", ".", "game_status", "==", "1", ":", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_send", "(", "\"[MESSAGE] YOU WIN!\\n\"", ")", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_close", "(", ")", "elif", "self", ".", "ms_game", ".", "game_status", "==", "0", ":", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_send", "(", "\"[MESSAGE] YOU LOSE!\\n\"", ")", "self", ".", "ms_game", ".", "tcp_close", "(", ")" ]

[ "Thread", "behavior", "." ]

[ "def", "options", "(", "self", ",", "parser", ",", "env", ")", ":", "parser", ".", "add_option", "(", "\"--epdb\"", ",", "action", "=", "\"store_true\"", ",", "dest", "=", "\"epdb_debugErrors\"", ",", "default", "=", "env", ".", "get", "(", "'NOSE_EPDB'", ",", "False", ")", ",", "help", "=", "\"Drop into extended debugger on errors\"", ")", "parser", ".", "add_option", "(", "\"--epdb-failures\"", ",", "action", "=", "\"store_true\"", ",", "dest", "=", "\"epdb_debugFailures\"", ",", "default", "=", "env", ".", "get", "(", "'NOSE_EPDB_FAILURES'", ",", "False", ")", ",", "help", "=", "\"Drop into extended debugger on failures\"", ")" ]

[ "Register", "commandline", "options", "." ]

[ "def", "configure", "(", "self", ",", "options", ",", "conf", ")", ":", "self", ".", "conf", "=", "conf", "self", ".", "enabled", "=", "options", ".", "epdb_debugErrors", "or", "options", ".", "epdb_debugFailures", "self", ".", "enabled_for_errors", "=", "options", ".", "epdb_debugErrors", "self", ".", "enabled_for_failures", "=", "options", ".", "epdb_debugFailures" ]

[ "Configure", "which", "kinds", "of", "exceptions", "trigger", "plugin", "." ]

[ "def", "set_trace_cond", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kw", ")", ":", "for", "key", ",", "val", "in", "kw", ".", "items", "(", ")", ":", "Epdb", ".", "set_trace_cond", "(", "key", ",", "val", ")", "for", "arg", "in", "args", ":", "Epdb", ".", "set_trace_cond", "(", "arg", ",", "True", ")" ]

[ "Sets", "a", "condition", "for", "set_trace", "statements", "that", "have", "the", "specified", "marker", ".", "A", "condition", "can", "either", "callable", "in", "which", "case", "it", "should", "take", "one", "argument", "which", "is", "the", "number", "of", "times", "set_trace", "(", "marker", ")", "has", "been", "called", "or", "it", "can", "be", "a", "number", "in", "which", "case", "the", "break", "will", "only", "be", "called", "." ]

[ "def", "matchFileOnDirPath", "(", "curpath", ",", "pathdir", ")", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "curpath", ")", ":", "return", "curpath", "filedirs", "=", "curpath", ".", "split", "(", "'/'", ")", "[", "1", ":", "]", "filename", "=", "filedirs", "[", "-", "1", "]", "filedirs", "=", "filedirs", "[", ":", "-", "1", "]", "if", "pathdir", "[", "-", "1", "]", "==", "'/'", ":", "pathdir", "=", "pathdir", "[", ":", "-", "1", "]", "# assume absolute paths", "pathdirs", "=", "pathdir", ".", "split", "(", "'/'", ")", "[", "1", ":", "]", "lp", "=", "len", "(", "pathdirs", ")", "# Cut off matching file elements from the ends of the two paths", "for", "x", "in", "range", "(", "1", ",", "min", "(", "len", "(", "filedirs", ")", ",", "lp", ")", ")", ":", "# XXX this will not work if you have", "# /usr/foo/foo/filename.py", "if", "filedirs", "[", "-", "1", "]", "==", "pathdirs", "[", "-", "x", "]", ":", "filedirs", "=", "filedirs", "[", ":", "-", "1", "]", "else", ":", "break", "# Now cut try cuting off incorrect initial elements of curpath", "while", "filedirs", ":", "tmppath", "=", "'/'", "+", "'/'", ".", "join", "(", "pathdirs", "+", "filedirs", "+", "[", "filename", "]", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "tmppath", ")", ":", "return", "tmppath", "filedirs", "=", "filedirs", "[", "1", ":", "]", "tmppath", "=", "'/'", "+", "'/'", ".", "join", "(", "pathdirs", "+", "[", "filename", "]", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "tmppath", ")", ":", "return", "tmppath", "return", "None" ]

[ "Find", "match", "for", "a", "file", "by", "slicing", "away", "its", "directory", "elements", "from", "the", "front", "and", "replacing", "them", "with", "pathdir", ".", "Assume", "that", "the", "end", "of", "curpath", "is", "right", "and", "but", "that", "the", "beginning", "may", "contain", "some", "garbage", "(", "or", "it", "may", "be", "short", ")", "Overlaps", "are", "allowed", ":", "e", ".", "g", "/", "tmp", "/", "fdjsklf", "/", "real", "/", "path", "/", "elements", "/", "all", "/", "the", "/", "real", "/", "=", ">", "/", "all", "/", "the", "/", "real", "/", "path", "/", "elements", "(", "assuming", "that", "this", "combined", "path", "exists", ")" ]

[ "def", "lookupmodule", "(", "self", ",", "filename", ")", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "isabs", "(", "filename", ")", "and", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "filename", ")", ":", "return", "filename", "f", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "sys", ".", "path", "[", "0", "]", ",", "filename", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "f", ")", "and", "self", ".", "canonic", "(", "f", ")", "==", "self", ".", "mainpyfile", ":", "return", "f", "root", ",", "ext", "=", "os", ".", "path", ".", "splitext", "(", "filename", ")", "origFileName", "=", "filename", "if", "ext", "==", "''", ":", "filename", "=", "filename", "+", "'.py'", "if", "os", ".", "path", ".", "isabs", "(", "filename", ")", ":", "return", "filename", "for", "dirname", "in", "sys", ".", "path", ":", "while", "os", ".", "path", ".", "islink", "(", "dirname", ")", ":", "dirname", "=", "os", ".", "path", ".", "realpath", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "os", ".", "path", ".", "dirname", "(", "dirname", ")", ",", "os", ".", "readlink", "(", "dirname", ")", ")", ")", "fullname", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "dirname", ",", "filename", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "fullname", ")", ":", "return", "fullname", "if", "origFileName", "in", "sys", ".", "modules", ":", "return", "sys", ".", "modules", "[", "origFileName", "]", ".", "__file__", "return", "None" ]

[ "Helper", "function", "for", "break", "/", "clear", "parsing", "--", "may", "be", "overridden", "." ]

[ "def", "set_trace_cond", "(", "klass", ",", "marker", "=", "'default'", ",", "cond", "=", "None", ")", ":", "tc", "=", "klass", ".", "trace_counts", "tc", "[", "marker", "]", "=", "[", "cond", ",", "0", "]" ]

[ "Sets", "a", "condition", "for", "set_trace", "statements", "that", "have", "the", "specified", "marker", ".", "A", "condition", "can", "be", "either", "callable", "in", "which", "case", "it", "should", "take", "one", "argument", "which", "is", "the", "number", "of", "times", "set_trace", "(", "marker", ")", "has", "been", "called", "or", "it", "can", "be", "a", "number", "in", "which", "case", "the", "break", "will", "only", "be", "called", "." ]

[ "def", "_set_trace", "(", "self", ",", "skip", "=", "0", ")", ":", "frame", "=", "sys", ".", "_getframe", "(", ")", ".", "f_back", "# go up the specified number of frames", "for", "i", "in", "range", "(", "skip", ")", ":", "frame", "=", "frame", ".", "f_back", "self", ".", "reset", "(", ")", "while", "frame", ":", "frame", ".", "f_trace", "=", "self", ".", "trace_dispatch", "self", ".", "botframe", "=", "frame", "frame", "=", "frame", ".", "f_back", "self", ".", "set_step", "(", ")", "sys", ".", "settrace", "(", "self", ".", "trace_dispatch", ")" ]

[ "Start", "debugging", "from", "here", "." ]

[ "def", "user_call", "(", "self", ",", "frame", ",", "argument_list", ")", ":", "if", "self", ".", "stop_here", "(", "frame", ")", ":", "pdb", ".", "Pdb", ".", "user_call", "(", "self", ",", "frame", ",", "argument_list", ")" ]

[ "This", "method", "is", "called", "when", "there", "is", "the", "remote", "possibility", "that", "we", "ever", "need", "to", "stop", "in", "this", "function", "." ]

[ "def", "user_return", "(", "self", ",", "frame", ",", "return_value", ")", ":", "pdb", ".", "Pdb", ".", "user_return", "(", "self", ",", "frame", ",", "return_value", ")" ]

[ "This", "function", "is", "called", "when", "a", "return", "trap", "is", "set", "here", "." ]

[ "def", "user_exception", "(", "self", ",", "frame", ",", "exc_info", ")", ":", "pdb", ".", "Pdb", ".", "user_exception", "(", "self", ",", "frame", ",", "exc_info", ")" ]

[ "This", "function", "is", "called", "if", "an", "exception", "occurs", "but", "only", "if", "we", "are", "to", "stop", "at", "or", "just", "below", "this", "level", "." ]

[ "def", "stackToList", "(", "stack", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "stack", ",", "types", ".", "TracebackType", ")", ":", "while", "stack", ".", "tb_next", ":", "stack", "=", "stack", ".", "tb_next", "stack", "=", "stack", ".", "tb_frame", "out", "=", "[", "]", "while", "stack", ":", "out", ".", "append", "(", "stack", ")", "stack", "=", "stack", ".", "f_back", "return", "out" ]

[ "Convert", "a", "chain", "of", "traceback", "or", "frame", "objects", "into", "a", "list", "of", "frames", "." ]

[ "def", "process_IAC", "(", "self", ",", "sock", ",", "cmd", ",", "option", ")", ":", "if", "cmd", "==", "DO", ":", "if", "option", "==", "TM", ":", "# timing mark - send WILL into outgoing stream", "os", ".", "write", "(", "self", ".", "remote", ",", "IAC", "+", "WILL", "+", "TM", ")", "else", ":", "pass", "elif", "cmd", "==", "IP", ":", "# interrupt process", "os", ".", "write", "(", "self", ".", "local", ",", "IPRESP", ")", "elif", "cmd", "==", "SB", ":", "pass", "elif", "cmd", "==", "SE", ":", "option", "=", "self", ".", "sbdataq", "[", "0", "]", "if", "option", "==", "NAWS", "[", "0", "]", ":", "# negotiate window size.", "cols", "=", "six", ".", "indexbytes", "(", "self", ".", "sbdataq", ",", "1", ")", "rows", "=", "six", ".", "indexbytes", "(", "self", ".", "sbdataq", ",", "2", ")", "s", "=", "struct", ".", "pack", "(", "'HHHH'", ",", "rows", ",", "cols", ",", "0", ",", "0", ")", "fcntl", ".", "ioctl", "(", "self", ".", "local", ",", "termios", ".", "TIOCSWINSZ", ",", "s", ")", "elif", "cmd", "==", "DONT", ":", "pass", "else", ":", "pass" ]

[ "Read", "in", "and", "parse", "IAC", "commands", "as", "passed", "by", "telnetlib", "." ]

[ "def", "handle", "(", "self", ")", ":", "while", "True", ":", "toRead", "=", "select", ".", "select", "(", "[", "self", ".", "local", ",", "self", ".", "remote", "]", ",", "[", "]", ",", "[", "]", ",", "0.1", ")", "[", "0", "]", "if", "self", ".", "local", "in", "toRead", ":", "data", "=", "os", ".", "read", "(", "self", ".", "local", ",", "4096", ")", "self", ".", "sock", ".", "sendall", "(", "data", ")", "continue", "if", "self", ".", "remote", "in", "toRead", "or", "self", ".", "rawq", ":", "buf", "=", "self", ".", "read_eager", "(", ")", "os", ".", "write", "(", "self", ".", "local", ",", "buf", ")", "continue" ]

[ "Performs", "endless", "processing", "of", "socket", "input", "/", "output", "passing", "cooked", "information", "onto", "the", "local", "process", "." ]

[ "def", "handle", "(", "self", ")", ":", "pid", ",", "fd", "=", "pty", ".", "fork", "(", ")", "if", "pid", ":", "protocol", "=", "TelnetServerProtocolHandler", "(", "self", ".", "request", ",", "fd", ")", "protocol", ".", "handle", "(", ")", "else", ":", "self", ".", "execute", "(", ")" ]

[ "Creates", "a", "child", "process", "that", "is", "fully", "controlled", "by", "this", "request", "handler", "and", "serves", "data", "to", "and", "from", "it", "via", "the", "protocol", "handler", "." ]

[ "def", "handle_request", "(", "self", ")", ":", "try", ":", "request", ",", "client_address", "=", "self", ".", "get_request", "(", ")", "except", "socket", ".", "error", ":", "return", "if", "self", ".", "verify_request", "(", "request", ",", "client_address", ")", ":", "try", ":", "# we only serve once, and we want to free up the port", "# for future serves.", "self", ".", "socket", ".", "close", "(", ")", "self", ".", "process_request", "(", "request", ",", "client_address", ")", "except", "SocketConnected", "as", "err", ":", "self", ".", "_serve_process", "(", "err", ".", "slaveFd", ",", "err", ".", "serverPid", ")", "return", "except", "Exception", "as", "err", ":", "self", ".", "handle_error", "(", "request", ",", "client_address", ")", "self", ".", "close_request", "(", ")" ]

[ "Handle", "one", "request", "-", "serve", "current", "process", "to", "one", "connection", "." ]

[ "def", "_serve_process", "(", "self", ",", "slaveFd", ",", "serverPid", ")", ":", "self", ".", "serverPid", "=", "serverPid", "if", "sys", ".", "stdin", ".", "isatty", "(", ")", ":", "self", ".", "oldTermios", "=", "termios", ".", "tcgetattr", "(", "sys", ".", "stdin", ".", "fileno", "(", ")", ")", "else", ":", "self", ".", "oldTermios", "=", "None", "self", ".", "oldStderr", "=", "SavedFile", "(", "2", ",", "sys", ",", "'stderr'", ")", "self", ".", "oldStdout", "=", "SavedFile", "(", "1", ",", "sys", ",", "'stdout'", ")", "self", ".", "oldStdin", "=", "SavedFile", "(", "0", ",", "sys", ",", "'stdin'", ")", "self", ".", "oldStderr", ".", "save", "(", "slaveFd", ",", "mode", "=", "\"w\"", ")", "self", ".", "oldStdout", ".", "save", "(", "slaveFd", ",", "mode", "=", "\"w\"", ")", "self", ".", "oldStdin", ".", "save", "(", "slaveFd", ",", "mode", "=", "\"r\"", ")", "os", ".", "close", "(", "slaveFd", ")", "self", ".", "closed", "=", "False" ]

[ "Serves", "a", "process", "by", "connecting", "its", "outputs", "/", "inputs", "to", "the", "pty", "slaveFd", ".", "serverPid", "is", "the", "process", "controlling", "the", "master", "fd", "that", "passes", "that", "output", "over", "the", "socket", "." ]

[ "def", "int_input", "(", "message", ",", "low", ",", "high", ",", "show_range", "=", "True", ")", ":", "int_in", "=", "low", "-", "1", "while", "(", "int_in", "<", "low", ")", "or", "(", "int_in", ">", "high", ")", ":", "if", "show_range", ":", "suffix", "=", "' (integer between '", "+", "str", "(", "low", ")", "+", "' and '", "+", "str", "(", "high", ")", "+", "')'", "else", ":", "suffix", "=", "''", "inp", "=", "input", "(", "'Enter a '", "+", "message", "+", "suffix", "+", "': '", ")", "if", "re", ".", "match", "(", "'^-?[0-9]+$'", ",", "inp", ")", "is", "not", "None", ":", "int_in", "=", "int", "(", "inp", ")", "else", ":", "print", "(", "colored", "(", "'Must be an integer, try again!'", ",", "'red'", ")", ")", "return", "int_in" ]

[ "Ask", "a", "user", "for", "a", "int", "input", "between", "two", "values" ]

[ "def", "float_input", "(", "message", ",", "low", ",", "high", ")", ":", "float_in", "=", "low", "-", "1.0", "while", "(", "float_in", "<", "low", ")", "or", "(", "float_in", ">", "high", ")", ":", "inp", "=", "input", "(", "'Enter a '", "+", "message", "+", "' (float between '", "+", "str", "(", "low", ")", "+", "' and '", "+", "str", "(", "high", ")", "+", "'): '", ")", "if", "re", ".", "match", "(", "'^([0-9]*[.])?[0-9]+$'", ",", "inp", ")", "is", "not", "None", ":", "float_in", "=", "float", "(", "inp", ")", "else", ":", "print", "(", "colored", "(", "'Must be a float, try again!'", ",", "'red'", ")", ")", "return", "float_in" ]

[ "Ask", "a", "user", "for", "a", "float", "input", "between", "two", "values" ]

[ "def", "bool_input", "(", "message", ")", ":", "while", "True", ":", "suffix", "=", "' (true or false): '", "inp", "=", "input", "(", "message", "+", "suffix", ")", "if", "inp", ".", "lower", "(", ")", "==", "'true'", ":", "return", "True", "elif", "inp", ".", "lower", "(", ")", "==", "'false'", ":", "return", "False", "else", ":", "print", "(", "colored", "(", "'Must be either true or false, try again!'", ",", "'red'", ")", ")" ]

[ "Ask", "a", "user", "for", "a", "boolean", "input" ]

[ "def", "main", "(", "args", "=", "None", ")", ":", "parser", "=", "argparse", ".", "ArgumentParser", "(", "description", "=", "'Tool to perform transfer learning'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-c'", ",", "'--configure'", ",", "action", "=", "'store_true'", ",", "help", "=", "'Configure transfer'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-e'", ",", "'--export'", ",", "action", "=", "'store_true'", ",", "dest", "=", "'export_config'", ",", "help", "=", "'Export configuration and models'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-i'", ",", "'--import'", ",", "action", "=", "'store'", ",", "type", "=", "str", ",", "default", "=", "None", ",", "dest", "=", "'import_config'", ",", "help", "=", "'Import configuration and models'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-p'", ",", "'--project'", ",", "action", "=", "'store'", ",", "type", "=", "str", ",", "default", "=", "None", ",", "dest", "=", "'project'", ",", "help", "=", "'Specify a project, if not supplied it will be picked from configured projects'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-r'", ",", "'--run'", ",", "action", "=", "'store_true'", ",", "help", "=", "'Run all transfer learning operations'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-f'", ",", "'--final'", ",", "action", "=", "'store_true'", ",", "help", "=", "'Run final training on all layers: Warning SLOW!'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'-l'", ",", "'--last-weights'", ",", "action", "=", "'store_true'", ",", "dest", "=", "'last'", ",", "help", "=", "'Restart from the last weights, rather than the best intermediate weights'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'--predict'", ",", "action", "=", "'store'", ",", "type", "=", "str", ",", "default", "=", "None", ",", "const", "=", "'default'", ",", "dest", "=", "'predict'", ",", "nargs", "=", "'?'", ",", "help", "=", "'Predict model on file or directory'", ")", "parser", ".", "add_argument", "(", "'--prediction-rest-api'", ",", "action", "=", "'store_true'", ",", "dest", "=", "'rest_api'", ",", "help", "=", "'Start rest api to make predictions on files or directories'", ")", "if", "len", "(", "sys", ".", "argv", ")", "==", "1", ":", "parser", ".", "print_help", "(", ")", "return", "args", "=", "parser", ".", "parse_args", "(", ")", "if", "args", ".", "import_config", "is", "not", "None", ":", "import_config", "(", "args", ".", "import_config", ")", "return", "elif", "args", ".", "export_config", ":", "project", "=", "select_project", "(", "args", ".", "project", ")", "weights", "=", "model_input", "(", "project", ")", "ind", "=", "model_individual_input", "(", "project", ",", "weights", ")", "export_config", "(", "project", ",", "weights", ",", "ind", ")", "return", "elif", "args", ".", "configure", ":", "configure", "(", ")", "return", "else", ":", "project", "=", "select_project", "(", "args", ".", "project", ")", "if", "args", ".", "run", ":", "if", "project", "[", "'is_array'", "]", "==", "False", ":", "project", "=", "images_to_array", "(", "project", ")", "update_config", "(", "project", ")", "if", "project", "[", "'is_augmented'", "]", "==", "False", ":", "project", "=", "augment_arrays", "(", "project", ")", "update_config", "(", "project", ")", "if", "project", "[", "'is_pre_model'", "]", "==", "False", ":", "project", "=", "pre_model", "(", "project", ")", "update_config", "(", "project", ")", "project", "=", "train_model", "(", "project", ",", "final", "=", "args", ".", "final", ",", "last", "=", "args", ".", "last", ")", "update_config", "(", "project", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "colored", "(", "'Completed modeling round: '", "+", "str", "(", "project", "[", "'model_round'", "]", ")", ",", "'cyan'", ")", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "'Best current model: '", ",", "colored", "(", "project", "[", "'best_weights'", "]", ",", "'yellow'", ")", ")", "print", "(", "'Last current model: '", ",", "colored", "(", "project", "[", "'last_weights'", "]", ",", "'yellow'", ")", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "'To further refine the model, run again with:'", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "colored", "(", "' transfer --run --project '", "+", "project", "[", "'name'", "]", ",", "'green'", ")", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "'To make predictions:'", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "colored", "(", "' transfer --predict [optional dir or file] --project '", "+", "project", "[", "'name'", "]", ",", "'yellow'", ")", ")", "print", "(", "''", ")", "elif", "args", ".", "rest_api", ":", "if", "project", "[", "'server_weights'", "]", "is", "not", "None", ":", "start_server", "(", "project", ",", "'server_weights'", ")", "elif", "project", "[", "'best_weights'", "]", "is", "not", "None", ":", "weights", "=", "model_input", "(", "project", ")", "start_server", "(", "project", ",", "weights", ")", "else", ":", "print", "(", "'Model is not trained. Please first run your project:'", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "colored", "(", "' transfer --run'", ",", "'green'", ")", ")", "print", "(", "''", ")", "elif", "args", ".", "predict", "is", "not", "None", ":", "if", "args", ".", "predict", "==", "'default'", ":", "completer", "=", "Completer", "(", ")", "readline", ".", "set_completer_delims", "(", "'\\t'", ")", "readline", ".", "parse_and_bind", "(", "'tab: complete'", ")", "readline", ".", "set_completer", "(", "completer", ".", "path_completer", ")", "args", ".", "predict", "=", "str_input", "(", "'Enter a path to file(s): '", ")", "if", "project", "[", "'server_weights'", "]", "is", "not", "None", ":", "predict_model", "(", "project", ",", "'server_weights'", ",", "args", ".", "predict", ")", "elif", "project", "[", "'best_weights'", "]", "is", "not", "None", ":", "weights", "=", "model_input", "(", "project", ")", "print", "(", "'Predicting on image(s) in: '", ",", "colored", "(", "args", ".", "predict", ",", "'yellow'", ")", ")", "predict_model", "(", "project", ",", "weights", ",", "args", ".", "predict", ")", "else", ":", "print", "(", "'Model is not trained. Please first run your project:'", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "colored", "(", "' transfer --run'", ",", "'green'", ")", ")", "print", "(", "''", ")" ]

[ "Main", "entry", "point", "for", "transfer", "command", "line", "tool", "." ]

[ "def", "configure", "(", ")", ":", "completer", "=", "Completer", "(", ")", "readline", ".", "set_completer_delims", "(", "'\\t'", ")", "readline", ".", "parse_and_bind", "(", "'tab: complete'", ")", "readline", ".", "set_completer", "(", "completer", ".", "path_completer", ")", "home", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "'~'", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "home", ",", "'.transfer'", ",", "'config.yaml'", ")", ")", ":", "with", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "home", ",", "'.transfer'", ",", "'config.yaml'", ")", ",", "'r'", ")", "as", "fp", ":", "config", "=", "yaml", ".", "load", "(", "fp", ".", "read", "(", ")", ")", "else", ":", "config", "=", "[", "]", "project_name", "=", "input", "(", "'Name your project: '", ")", "existing_project", "=", "None", "for", "project", "in", "config", ":", "if", "project_name", "==", "project", "[", "'name'", "]", ":", "existing_project", "=", "project_name", "if", "existing_project", "is", "not", "None", ":", "print", "(", "colored", "(", "'Project '", "+", "project_name", "+", "' already exists'", ",", "'red'", ")", ")", "overwrite", "=", "str_input", "(", "'Would you like to overwrite this project? (yes or no) '", ",", "[", "'yes'", ",", "'no'", "]", ")", "if", "overwrite", "==", "'no'", ":", "return", "else", ":", "config", "=", "[", "project", "for", "project", "in", "config", "if", "project_name", "!=", "project", "[", "'name'", "]", "]", "image_path", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "input", "(", "'Select parent directory for your images: '", ")", ")", "path_unset", "=", "True", "while", "path_unset", ":", "project_path", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "input", "(", "'Select destination for your project: '", ")", ")", "if", "(", "project_path", ".", "find", "(", "image_path", ")", "==", "0", ")", ":", "print", "(", "'Project destination should not be same or within image directory!'", ")", "else", ":", "path_unset", "=", "False", "print", "(", "'Select architecture:'", ")", "print", "(", "'[0] resnet50'", ")", "print", "(", "'[1] xception'", ")", "print", "(", "'[2] inception_v3'", ")", "architecture", "=", "int_input", "(", "'choice'", ",", "0", ",", "2", ",", "show_range", "=", "False", ")", "if", "architecture", "==", "0", ":", "arch", "=", "'resnet50'", "img_dim", "=", "224", "conv_dim", "=", "7", "final_cutoff", "=", "80", "elif", "architecture", "==", "1", ":", "arch", "=", "'xception'", "img_dim", "=", "299", "conv_dim", "=", "10", "final_cutoff", "=", "80", "else", ":", "arch", "=", "'inception_v3'", "img_dim", "=", "299", "conv_dim", "=", "8", "final_cutoff", "=", "80", "api_port", "=", "int_input", "(", "'port for local prediction API (suggested: 5000)'", ",", "1024", ",", "49151", ")", "kfold", "=", "int_input", "(", "'number of folds to use (suggested: 5)'", ",", "3", ",", "10", ")", "kfold_every", "=", "bool_input", "(", "'Fit a model for every fold? (if false, just fit one)'", ")", "print", "(", "'Warning: if working on a remote computer, you may not be able to plot!'", ")", "plot_cm", "=", "bool_input", "(", "'Plot a confusion matrix after training?'", ")", "batch_size", "=", "int_input", "(", "'batch size (suggested: 8)'", ",", "1", ",", "64", ")", "learning_rate", "=", "float_input", "(", "'learning rate (suggested: 0.001)'", ",", "0", ",", "1", ")", "learning_rate_decay", "=", "float_input", "(", "'learning decay rate (suggested: 0.000001)'", ",", "0", ",", "1", ")", "cycle", "=", "int_input", "(", "'number of cycles before resetting the learning rate (suggested: 3)'", ",", "1", ",", "10", ")", "num_rounds", "=", "int_input", "(", "'number of rounds (suggested: 3)'", ",", "1", ",", "100", ")", "print", "(", "'Select image resolution:'", ")", "print", "(", "'[0] low ('", "+", "str", "(", "img_dim", ")", "+", "' px)'", ")", "print", "(", "'[1] mid ('", "+", "str", "(", "img_dim", "*", "2", ")", "+", "' px)'", ")", "print", "(", "'[2] high ('", "+", "str", "(", "img_dim", "*", "4", ")", "+", "' px)'", ")", "img_resolution_index", "=", "int_input", "(", "'choice'", ",", "0", ",", "2", ",", "show_range", "=", "False", ")", "if", "img_resolution_index", "==", "0", ":", "img_size", "=", "1", "elif", "img_resolution_index", "==", "1", ":", "img_size", "=", "2", "else", ":", "img_size", "=", "4", "use_augmentation", "=", "str_input", "(", "'Would you like to add image augmentation? (yes or no) '", ",", "[", "'yes'", ",", "'no'", "]", ")", "if", "use_augmentation", "==", "'yes'", ":", "augmentations", "=", "select_augmentations", "(", ")", "else", ":", "augmentations", "=", "None", "project", "=", "{", "'name'", ":", "project_name", ",", "'img_path'", ":", "image_path", ",", "'path'", ":", "project_path", ",", "'plot'", ":", "plot_cm", ",", "'api_port'", ":", "api_port", ",", "'kfold'", ":", "kfold", ",", "'kfold_every'", ":", "kfold_every", ",", "'cycle'", ":", "cycle", ",", "'seed'", ":", "np", ".", "random", ".", "randint", "(", "9999", ")", ",", "'batch_size'", ":", "batch_size", ",", "'learning_rate'", ":", "learning_rate", ",", "'learning_rate_decay'", ":", "learning_rate_decay", ",", "'final_cutoff'", ":", "final_cutoff", ",", "'rounds'", ":", "num_rounds", ",", "'img_size'", ":", "img_size", ",", "'augmentations'", ":", "augmentations", ",", "'architecture'", ":", "arch", ",", "'img_dim'", ":", "img_dim", ",", "'conv_dim'", ":", "conv_dim", ",", "'is_split'", ":", "False", ",", "'is_array'", ":", "False", ",", "'is_augmented'", ":", "False", ",", "'is_pre_model'", ":", "False", ",", "'is_final'", ":", "False", ",", "'model_round'", ":", "0", ",", "'server_weights'", ":", "None", ",", "'last_weights'", ":", "None", ",", "'best_weights'", ":", "None", "}", "config", ".", "append", "(", "project", ")", "store_config", "(", "config", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "colored", "(", "'Project configure saved!'", ",", "'cyan'", ")", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "'To run project:'", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "colored", "(", "' transfer --run --project '", "+", "project_name", ",", "'green'", ")", ")", "print", "(", "'or'", ")", "print", "(", "colored", "(", "' transfer -r -p '", "+", "project_name", ",", "'green'", ")", ")" ]

[ "Configure", "the", "transfer", "environment", "and", "store" ]

[ "def", "configure_server", "(", ")", ":", "home", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "'~'", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "home", ",", "'.transfer'", ",", "'config.yaml'", ")", ")", ":", "with", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "home", ",", "'.transfer'", ",", "'config.yaml'", ")", ",", "'r'", ")", "as", "fp", ":", "config", "=", "yaml", ".", "load", "(", "fp", ".", "read", "(", ")", ")", "else", ":", "config", "=", "[", "]", "project_name", "=", "input", "(", "'Name your project: '", ")", "existing_project", "=", "None", "for", "project", "in", "config", ":", "if", "project_name", "==", "project", "[", "'name'", "]", ":", "existing_project", "=", "project_name", "if", "existing_project", "is", "not", "None", ":", "print", "(", "colored", "(", "'Project '", "+", "project_name", "+", "' already exists'", ",", "'red'", ")", ")", "overwrite", "=", "str_input", "(", "'Would you like to overwrite this project? (yes or no) '", ",", "[", "'yes'", ",", "'no'", "]", ")", "if", "overwrite", "==", "'no'", ":", "return", "else", ":", "config", "=", "[", "project", "for", "project", "in", "config", "if", "project_name", "!=", "project", "[", "'name'", "]", "]", "api_port", "=", "int_input", "(", "'port for local prediction API (suggested: 5000)'", ",", "1024", ",", "49151", ")", "print", "(", "'Select image resolution:'", ")", "print", "(", "'[0] low (224 px)'", ")", "print", "(", "'[1] mid (448 px)'", ")", "print", "(", "'[2] high (896 px)'", ")", "img_resolution_index", "=", "int_input", "(", "'choice'", ",", "0", ",", "2", ",", "show_range", "=", "False", ")", "if", "img_resolution_index", "==", "0", ":", "img_size", "=", "1", "elif", "img_resolution_index", "==", "1", ":", "img_size", "=", "2", "else", ":", "img_size", "=", "4", "num_categories", "=", "int_input", "(", "'number of image categories in your model'", ",", "0", ",", "10000000", ")", "weights", "=", "False", "while", "weights", "==", "False", ":", "server_weights", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "input", "(", "'Select weights file: '", ")", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "server_weights", ")", ":", "weights", "=", "True", "else", ":", "print", "(", "'Cannot find the weight file: '", ",", "server_weights", ")", "project", "=", "{", "'name'", ":", "project_name", ",", "'api_port'", ":", "api_port", ",", "'img_size'", ":", "img_size", ",", "'number_categories'", ":", "num_categories", ",", "'server_weights'", ":", "server_weights", "}", "config", ".", "append", "(", "project", ")", "store_config", "(", "config", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "colored", "(", "'Project configure saved!'", ",", "'cyan'", ")", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "'To start the server:'", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "colored", "(", "' transfer --prediction-rest-api --project '", "+", "project_name", ",", "'green'", ")", ")", "print", "(", "'or'", ")", "print", "(", "colored", "(", "' transfer --prediction-rest-api -p '", "+", "project_name", ",", "'green'", ")", ")" ]

[ "Configure", "the", "transfer", "environment", "and", "store" ]

[ "def", "select_project", "(", "user_provided_project", ")", ":", "home", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "'~'", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "home", ",", "'.transfer'", ",", "'config.yaml'", ")", ")", ":", "with", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "home", ",", "'.transfer'", ",", "'config.yaml'", ")", ",", "'r'", ")", "as", "fp", ":", "projects", "=", "yaml", ".", "load", "(", "fp", ".", "read", "(", ")", ")", "if", "len", "(", "projects", ")", "==", "1", ":", "project", "=", "projects", "[", "0", "]", "else", ":", "if", "user_provided_project", "in", "[", "project", "[", "'name'", "]", "for", "project", "in", "projects", "]", ":", "for", "inner_project", "in", "projects", ":", "if", "user_provided_project", "==", "inner_project", "[", "'name'", "]", ":", "project", "=", "inner_project", "else", ":", "print", "(", "'Select your project'", ")", "for", "i", ",", "project", "in", "enumerate", "(", "projects", ")", ":", "print", "(", "'['", "+", "str", "(", "i", ")", "+", "']: '", "+", "project", "[", "'name'", "]", ")", "project_index", "=", "int_input", "(", "'project'", ",", "-", "1", ",", "len", "(", "projects", ")", ",", "show_range", "=", "False", ")", "project", "=", "projects", "[", "project_index", "]", "else", ":", "print", "(", "'Transfer is not configured.'", ")", "print", "(", "'Please run:'", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "colored", "(", "' transfer --configure'", ",", "'green'", ")", ")", "return", "print", "(", "colored", "(", "'Project selected: '", "+", "project", "[", "'name'", "]", ",", "'cyan'", ")", ")", "return", "project" ]

[ "Select", "a", "project", "from", "configuration", "to", "run", "transfer", "on" ]

[ "def", "store_config", "(", "config", ",", "suffix", "=", "None", ")", ":", "home", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "'~'", ")", "if", "suffix", "is", "not", "None", ":", "config_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "home", ",", "'.transfer'", ",", "suffix", ")", "else", ":", "config_path", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "home", ",", "'.transfer'", ")", "os", ".", "makedirs", "(", "config_path", ",", "exist_ok", "=", "True", ")", "with", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "config_path", ",", "'config.yaml'", ")", ",", "'w'", ")", "as", "fp", ":", "yaml", ".", "dump", "(", "config", ",", "fp", ")" ]

[ "Store", "configuration" ]

[ "def", "update_config", "(", "updated_project", ")", ":", "home", "=", "os", ".", "path", ".", "expanduser", "(", "'~'", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "home", ",", "'.transfer'", ",", "'config.yaml'", ")", ")", ":", "with", "open", "(", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "home", ",", "'.transfer'", ",", "'config.yaml'", ")", ",", "'r'", ")", "as", "fp", ":", "projects", "=", "yaml", ".", "load", "(", "fp", ".", "read", "(", ")", ")", "replace_index", "=", "-", "1", "for", "i", ",", "project", "in", "enumerate", "(", "projects", ")", ":", "if", "project", "[", "'name'", "]", "==", "updated_project", "[", "'name'", "]", ":", "replace_index", "=", "i", "if", "replace_index", ">", "-", "1", ":", "projects", "[", "replace_index", "]", "=", "updated_project", "store_config", "(", "projects", ")", "else", ":", "print", "(", "'Not saving configuration'", ")", "print", "(", "colored", "(", "'Project: '", "+", "updated_project", "[", "'name'", "]", "+", "' was not found in configured projects!'", ",", "'red'", ")", ")", "else", ":", "print", "(", "'Transfer is not configured.'", ")", "print", "(", "'Please run:'", ")", "print", "(", "''", ")", "print", "(", "colored", "(", "' transfer --configure'", ",", "'cyan'", ")", ")", "return" ]

[ "Update", "project", "in", "configuration" ]

[ "def", "atom_criteria", "(", "*", "params", ")", ":", "result", "=", "{", "}", "for", "index", ",", "param", "in", "enumerate", "(", "params", ")", ":", "if", "param", "is", "None", ":", "continue", "elif", "isinstance", "(", "param", ",", "int", ")", ":", "result", "[", "index", "]", "=", "HasAtomNumber", "(", "param", ")", "else", ":", "result", "[", "index", "]", "=", "param", "return", "result" ]

[ "An", "auxiliary", "function", "to", "construct", "a", "dictionary", "of", "Criteria" ]

[ "def", "_check_symbols", "(", "self", ",", "symbols", ")", ":", "if", "len", "(", "symbols", ")", "!=", "self", ".", "size", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"The number of symbols in the graph does not \"", "\"match the length of the atomic numbers array.\"", ")", "for", "symbol", "in", "symbols", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "symbol", ",", "str", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"All symbols must be strings.\"", ")" ]

[ "the", "size", "must", "be", "the", "same", "as", "the", "length", "of", "the", "array", "numbers", "and", "all", "elements", "must", "be", "strings" ]

[ "def", "from_geometry", "(", "cls", ",", "molecule", ",", "do_orders", "=", "False", ",", "scaling", "=", "1.0", ")", ":", "from", "molmod", ".", "bonds", "import", "bonds", "unit_cell", "=", "molecule", ".", "unit_cell", "pair_search", "=", "PairSearchIntra", "(", "molecule", ".", "coordinates", ",", "bonds", ".", "max_length", "*", "bonds", ".", "bond_tolerance", "*", "scaling", ",", "unit_cell", ")", "orders", "=", "[", "]", "lengths", "=", "[", "]", "edges", "=", "[", "]", "for", "i0", ",", "i1", ",", "delta", ",", "distance", "in", "pair_search", ":", "bond_order", "=", "bonds", ".", "bonded", "(", "molecule", ".", "numbers", "[", "i0", "]", ",", "molecule", ".", "numbers", "[", "i1", "]", ",", "distance", "/", "scaling", ")", "if", "bond_order", "is", "not", "None", ":", "if", "do_orders", ":", "orders", ".", "append", "(", "bond_order", ")", "lengths", ".", "append", "(", "distance", ")", "edges", ".", "append", "(", "(", "i0", ",", "i1", ")", ")", "if", "do_orders", ":", "result", "=", "cls", "(", "edges", ",", "molecule", ".", "numbers", ",", "orders", ",", "symbols", "=", "molecule", ".", "symbols", ")", "else", ":", "result", "=", "cls", "(", "edges", ",", "molecule", ".", "numbers", ",", "symbols", "=", "molecule", ".", "symbols", ")", "# run a check on all neighbors. if two bonds point in a direction that", "# differs only by 45 deg. the longest of the two is discarded. the", "# double loop over the neighbors is done such that the longest bonds", "# are eliminated first", "slated_for_removal", "=", "set", "(", "[", "]", ")", "threshold", "=", "0.5", "**", "0.5", "for", "c", ",", "ns", "in", "result", ".", "neighbors", ".", "items", "(", ")", ":", "lengths_ns", "=", "[", "]", "for", "n", "in", "ns", ":", "delta", "=", "molecule", ".", "coordinates", "[", "n", "]", "-", "molecule", ".", "coordinates", "[", "c", "]", "if", "unit_cell", "is", "not", "None", ":", "delta", "=", "unit_cell", ".", "shortest_vector", "(", "delta", ")", "length", "=", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "delta", ")", "lengths_ns", ".", "append", "(", "[", "length", ",", "delta", ",", "n", "]", ")", "lengths_ns", ".", "sort", "(", "reverse", "=", "True", ",", "key", "=", "(", "lambda", "r", ":", "r", "[", "0", "]", ")", ")", "for", "i0", ",", "(", "length0", ",", "delta0", ",", "n0", ")", "in", "enumerate", "(", "lengths_ns", ")", ":", "for", "i1", ",", "(", "length1", ",", "delta1", ",", "n1", ")", "in", "enumerate", "(", "lengths_ns", "[", ":", "i0", "]", ")", ":", "if", "length1", "==", "0.0", ":", "continue", "cosine", "=", "np", ".", "dot", "(", "delta0", ",", "delta1", ")", "/", "length0", "/", "length1", "if", "cosine", ">", "threshold", ":", "# length1 > length0", "slated_for_removal", ".", "add", "(", "(", "c", ",", "n1", ")", ")", "lengths_ns", "[", "i1", "]", "[", "0", "]", "=", "0.0", "# construct a mask", "mask", "=", "np", ".", "ones", "(", "len", "(", "edges", ")", ",", "bool", ")", "for", "i0", ",", "i1", "in", "slated_for_removal", ":", "edge_index", "=", "result", ".", "edge_index", ".", "get", "(", "frozenset", "(", "[", "i0", ",", "i1", "]", ")", ")", "if", "edge_index", "is", "None", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Could not find edge that has to be removed: %i %i'", "%", "(", "i0", ",", "i1", ")", ")", "mask", "[", "edge_index", "]", "=", "False", "# actual removal", "edges", "=", "[", "edges", "[", "i", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "len", "(", "edges", ")", ")", "if", "mask", "[", "i", "]", "]", "if", "do_orders", ":", "bond_order", "=", "[", "bond_order", "[", "i", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "len", "(", "bond_order", ")", ")", "if", "mask", "[", "i", "]", "]", "result", "=", "cls", "(", "edges", ",", "molecule", ".", "numbers", ",", "orders", ")", "else", ":", "result", "=", "cls", "(", "edges", ",", "molecule", ".", "numbers", ")", "lengths", "=", "[", "lengths", "[", "i", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "len", "(", "lengths", ")", ")", "if", "mask", "[", "i", "]", "]", "result", ".", "bond_lengths", "=", "np", ".", "array", "(", "lengths", ")", "return", "result" ]

[ "Construct", "a", "MolecularGraph", "object", "based", "on", "interatomic", "distances" ]

[ "def", "from_blob", "(", "cls", ",", "s", ")", ":", "atom_str", ",", "edge_str", "=", "s", ".", "split", "(", ")", "numbers", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "int", "(", "s", ")", "for", "s", "in", "atom_str", ".", "split", "(", "\",\"", ")", "]", ")", "edges", "=", "[", "]", "orders", "=", "[", "]", "for", "s", "in", "edge_str", ".", "split", "(", "\",\"", ")", ":", "i", ",", "j", ",", "o", "=", "(", "int", "(", "w", ")", "for", "w", "in", "s", ".", "split", "(", "\"_\"", ")", ")", "edges", ".", "append", "(", "(", "i", ",", "j", ")", ")", "orders", ".", "append", "(", "o", ")", "return", "cls", "(", "edges", ",", "numbers", ",", "np", ".", "array", "(", "orders", ")", ")" ]

[ "Construct", "a", "molecular", "graph", "from", "the", "blob", "representation" ]

[ "def", "blob", "(", "self", ")", ":", "atom_str", "=", "\",\"", ".", "join", "(", "str", "(", "number", ")", "for", "number", "in", "self", ".", "numbers", ")", "edge_str", "=", "\",\"", ".", "join", "(", "\"%i_%i_%i\"", "%", "(", "i", ",", "j", ",", "o", ")", "for", "(", "i", ",", "j", ")", ",", "o", "in", "zip", "(", "self", ".", "edges", ",", "self", ".", "orders", ")", ")", "return", "\"%s %s\"", "%", "(", "atom_str", ",", "edge_str", ")" ]

[ "A", "compact", "text", "representation", "of", "the", "graph" ]

[ "def", "get_vertex_string", "(", "self", ",", "i", ")", ":", "number", "=", "self", ".", "numbers", "[", "i", "]", "if", "number", "==", "0", ":", "return", "Graph", ".", "get_vertex_string", "(", "self", ",", "i", ")", "else", ":", "# pad with zeros to make sure that string sort is identical to number sort", "return", "\"%03i\"", "%", "number" ]

[ "Return", "a", "string", "based", "on", "the", "atom", "number" ]

[ "def", "get_edge_string", "(", "self", ",", "i", ")", ":", "order", "=", "self", ".", "orders", "[", "i", "]", "if", "order", "==", "0", ":", "return", "Graph", ".", "get_edge_string", "(", "self", ",", "i", ")", "else", ":", "# pad with zeros to make sure that string sort is identical to number sort", "return", "\"%03i\"", "%", "order" ]

[ "Return", "a", "string", "based", "on", "the", "bond", "order" ]

[ "def", "get_subgraph", "(", "self", ",", "subvertices", ",", "normalize", "=", "False", ")", ":", "graph", "=", "Graph", ".", "get_subgraph", "(", "self", ",", "subvertices", ",", "normalize", ")", "if", "normalize", ":", "new_numbers", "=", "self", ".", "numbers", "[", "graph", ".", "_old_vertex_indexes", "]", "# vertices do change", "else", ":", "new_numbers", "=", "self", ".", "numbers", "# vertices don't change!", "if", "self", ".", "symbols", "is", "None", ":", "new_symbols", "=", "None", "elif", "normalize", ":", "new_symbols", "=", "tuple", "(", "self", ".", "symbols", "[", "i", "]", "for", "i", "in", "graph", ".", "_old_vertex_indexes", ")", "else", ":", "new_symbols", "=", "self", ".", "symbols", "new_orders", "=", "self", ".", "orders", "[", "graph", ".", "_old_edge_indexes", "]", "result", "=", "MolecularGraph", "(", "graph", ".", "edges", ",", "new_numbers", ",", "new_orders", ",", "new_symbols", ")", "if", "normalize", ":", "result", ".", "_old_vertex_indexes", "=", "graph", ".", "_old_vertex_indexes", "result", ".", "_old_edge_indexes", "=", "graph", ".", "_old_edge_indexes", "return", "result" ]

[ "Creates", "a", "subgraph", "of", "the", "current", "graph" ]

[ "def", "add_hydrogens", "(", "self", ",", "formal_charges", "=", "None", ")", ":", "new_edges", "=", "list", "(", "self", ".", "edges", ")", "counter", "=", "self", ".", "num_vertices", "for", "i", "in", "range", "(", "self", ".", "num_vertices", ")", ":", "num_elec", "=", "self", ".", "numbers", "[", "i", "]", "if", "formal_charges", "is", "not", "None", ":", "num_elec", "-=", "int", "(", "formal_charges", "[", "i", "]", ")", "if", "num_elec", ">=", "5", "and", "num_elec", "<=", "9", ":", "num_hydrogen", "=", "num_elec", "-", "10", "+", "8", "elif", "num_elec", ">=", "13", "and", "num_elec", "<=", "17", ":", "num_hydrogen", "=", "num_elec", "-", "18", "+", "8", "elif", "num_elec", "==", "35", ":", "num_hydrogen", "=", "1", "else", ":", "continue", "if", "num_hydrogen", ">", "4", ":", "num_hydrogen", "=", "8", "-", "num_hydrogen", "for", "n", "in", "self", ".", "neighbors", "[", "i", "]", ":", "bo", "=", "self", ".", "orders", "[", "self", ".", "edge_index", "[", "frozenset", "(", "[", "i", ",", "n", "]", ")", "]", "]", "if", "bo", "<=", "0", ":", "bo", "=", "1", "num_hydrogen", "-=", "int", "(", "bo", ")", "for", "j", "in", "range", "(", "num_hydrogen", ")", ":", "new_edges", ".", "append", "(", "(", "i", ",", "counter", ")", ")", "counter", "+=", "1", "new_numbers", "=", "np", ".", "zeros", "(", "counter", ",", "int", ")", "new_numbers", "[", ":", "self", ".", "num_vertices", "]", "=", "self", ".", "numbers", "new_numbers", "[", "self", ".", "num_vertices", ":", "]", "=", "1", "new_orders", "=", "np", ".", "zeros", "(", "len", "(", "new_edges", ")", ",", "int", ")", "new_orders", "[", ":", "self", ".", "num_edges", "]", "=", "self", ".", "orders", "new_orders", "[", "self", ".", "num_edges", ":", "]", "=", "1", "result", "=", "MolecularGraph", "(", "new_edges", ",", "new_numbers", ",", "new_orders", ")", "return", "result" ]

[ "Returns", "a", "molecular", "graph", "where", "hydrogens", "are", "added", "explicitely" ]

[ "def", "check_next_match", "(", "self", ",", "match", ",", "new_relations", ",", "subject_graph", ",", "one_match", ")", ":", "if", "not", "CustomPattern", ".", "check_next_match", "(", "self", ",", "match", ",", "new_relations", ",", "subject_graph", ",", "one_match", ")", ":", "return", "False", "if", "self", ".", "strong", ":", "# can this ever become a strong ring?", "vertex1_start", "=", "match", ".", "forward", "[", "self", ".", "pattern_graph", ".", "central_vertex", "]", "for", "vertex1", "in", "new_relations", ".", "values", "(", ")", ":", "paths", "=", "list", "(", "subject_graph", ".", "iter_shortest_paths", "(", "vertex1", ",", "vertex1_start", ")", ")", "if", "self", ".", "size", "%", "2", "==", "0", "and", "len", "(", "match", ")", "==", "self", ".", "size", ":", "if", "len", "(", "paths", ")", "!=", "2", ":", "#print \"NRingPattern.check_next_match: not strong a.1\"", "return", "False", "for", "path", "in", "paths", ":", "if", "len", "(", "path", ")", "!=", "len", "(", "match", ")", "//", "2", "+", "1", ":", "#print \"NRingPattern.check_next_match: not strong a.2\"", "return", "False", "else", ":", "if", "len", "(", "paths", ")", "!=", "1", ":", "#print \"NRingPattern.check_next_match: not strong b.1\"", "return", "False", "if", "len", "(", "paths", "[", "0", "]", ")", "!=", "(", "len", "(", "match", ")", "+", "1", ")", "//", "2", ":", "#print \"NRingPattern.check_next_match: not strong b.2\"", "return", "False", "#print \"RingPattern.check_next_match: no remarks\"", "return", "True" ]

[ "Check", "if", "the", "(", "onset", "for", "a", ")", "match", "can", "be", "a", "valid", "(", "part", "of", "a", ")", "ring" ]

[ "def", "complete", "(", "self", ",", "match", ",", "subject_graph", ")", ":", "if", "not", "CustomPattern", ".", "complete", "(", "self", ",", "match", ",", "subject_graph", ")", ":", "return", "False", "if", "self", ".", "strong", ":", "# If the ring is not strong, return False", "if", "self", ".", "size", "%", "2", "==", "0", ":", "# even ring", "for", "i", "in", "range", "(", "self", ".", "size", "//", "2", ")", ":", "vertex1_start", "=", "match", ".", "forward", "[", "i", "]", "vertex1_stop", "=", "match", ".", "forward", "[", "(", "i", "+", "self", ".", "size", "//", "2", ")", "%", "self", ".", "size", "]", "paths", "=", "list", "(", "subject_graph", ".", "iter_shortest_paths", "(", "vertex1_start", ",", "vertex1_stop", ")", ")", "if", "len", "(", "paths", ")", "!=", "2", ":", "#print \"Even ring must have two paths between opposite vertices\"", "return", "False", "for", "path", "in", "paths", ":", "if", "len", "(", "path", ")", "!=", "self", ".", "size", "//", "2", "+", "1", ":", "#print \"Paths between opposite vertices must half the size of the ring+1\"", "return", "False", "else", ":", "# odd ring", "for", "i", "in", "range", "(", "self", ".", "size", "//", "2", "+", "1", ")", ":", "vertex1_start", "=", "match", ".", "forward", "[", "i", "]", "vertex1_stop", "=", "match", ".", "forward", "[", "(", "i", "+", "self", ".", "size", "//", "2", ")", "%", "self", ".", "size", "]", "paths", "=", "list", "(", "subject_graph", ".", "iter_shortest_paths", "(", "vertex1_start", ",", "vertex1_stop", ")", ")", "if", "len", "(", "paths", ")", ">", "1", ":", "return", "False", "if", "len", "(", "paths", "[", "0", "]", ")", "!=", "self", ".", "size", "//", "2", "+", "1", ":", "return", "False", "vertex1_stop", "=", "match", ".", "forward", "[", "(", "i", "+", "self", ".", "size", "//", "2", "+", "1", ")", "%", "self", ".", "size", "]", "paths", "=", "list", "(", "subject_graph", ".", "iter_shortest_paths", "(", "vertex1_start", ",", "vertex1_stop", ")", ")", "if", "len", "(", "paths", ")", ">", "1", ":", "return", "False", "if", "len", "(", "paths", "[", "0", "]", ")", "!=", "self", ".", "size", "//", "2", "+", "1", ":", "return", "False", "return", "True" ]

[ "Check", "the", "completeness", "of", "the", "ring", "match" ]

[ "def", "get_kind", "(", "self", ",", "value", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "float", ")", ":", "return", "'f'", "elif", "isinstance", "(", "value", ",", "int", ")", ":", "return", "'i'", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Only integer or floating point values can be stored.\"", ")" ]

[ "Return", "the", "kind", "(", "type", ")", "of", "the", "attribute" ]

[ "def", "dump", "(", "self", ",", "f", ",", "name", ")", ":", "# print the header line", "value", "=", "self", ".", "get", "(", ")", "kind", "=", "self", ".", "get_kind", "(", "value", ")", "print", "(", "\"% 40s kind=%s value=%s\"", "%", "(", "name", ",", "kind", ",", "value", ")", ",", "file", "=", "f", ")" ]

[ "Write", "the", "attribute", "to", "a", "file", "-", "like", "object" ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "copy", "=", "False", ")", ":", "array", "=", "getattr", "(", "self", ".", "owner", ",", "self", ".", "name", ")", "if", "copy", ":", "return", "array", ".", "copy", "(", ")", "else", ":", "return", "array" ]

[ "Return", "the", "value", "of", "the", "attribute" ]

[ "def", "dump", "(", "self", ",", "f", ",", "name", ")", ":", "array", "=", "self", ".", "get", "(", ")", "# print the header line", "print", "(", "\"% 40s kind=%s shape=(%s)\"", "%", "(", "name", ",", "array", ".", "dtype", ".", "kind", ",", "\",\"", ".", "join", "(", "[", "str", "(", "int", "(", "size_axis", ")", ")", "for", "size_axis", "in", "array", ".", "shape", "]", ")", ",", ")", ",", "file", "=", "f", ")", "# print the numbers", "counter", "=", "0", "for", "value", "in", "array", ".", "flat", ":", "counter", "+=", "1", "print", "(", "\"% 20s\"", "%", "value", ",", "end", "=", "' '", ",", "file", "=", "f", ")", "if", "counter", "%", "4", "==", "0", ":", "print", "(", "file", "=", "f", ")", "if", "counter", "%", "4", "!=", "0", ":", "print", "(", "file", "=", "f", ")" ]

[ "Write", "the", "attribute", "to", "a", "file", "-", "like", "object" ]

[ "def", "load", "(", "self", ",", "f", ",", "skip", ")", ":", "array", "=", "self", ".", "get", "(", ")", "counter", "=", "0", "counter_limit", "=", "array", ".", "size", "convert", "=", "array", ".", "dtype", ".", "type", "while", "counter", "<", "counter_limit", ":", "line", "=", "f", ".", "readline", "(", ")", "words", "=", "line", ".", "split", "(", ")", "for", "word", "in", "words", ":", "if", "counter", ">=", "counter_limit", ":", "raise", "FileFormatError", "(", "\"Wrong array data: too many values.\"", ")", "if", "not", "skip", ":", "array", ".", "flat", "[", "counter", "]", "=", "convert", "(", "word", ")", "counter", "+=", "1" ]

[ "Load", "the", "array", "data", "from", "a", "file", "-", "like", "object" ]

[ "def", "_register", "(", "self", ",", "name", ",", "AttrCls", ")", ":", "if", "not", "issubclass", "(", "AttrCls", ",", "StateAttr", ")", ":", "raise", "TypeError", "(", "\"The second argument must a StateAttr instance.\"", ")", "if", "len", "(", "name", ")", ">", "40", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"Name can count at most 40 characters.\"", ")", "self", ".", "_fields", "[", "name", "]", "=", "AttrCls", "(", "self", ".", "_owner", ",", "name", ")" ]

[ "Register", "a", "new", "attribute", "to", "take", "care", "of", "with", "dump", "and", "load" ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "subset", "=", "None", ")", ":", "if", "subset", "is", "None", ":", "return", "dict", "(", "(", "name", ",", "attr", ".", "get", "(", "copy", "=", "True", ")", ")", "for", "name", ",", "attr", "in", "self", ".", "_fields", ".", "items", "(", ")", ")", "else", ":", "return", "dict", "(", "(", "name", ",", "attr", ".", "get", "(", "copy", "=", "True", ")", ")", "for", "name", ",", "attr", "in", "self", ".", "_fields", ".", "items", "(", ")", "if", "name", "in", "subset", ")" ]

[ "Return", "a", "dictionary", "object", "with", "the", "registered", "fields", "and", "their", "values" ]

[ "def", "set", "(", "self", ",", "new_fields", ",", "subset", "=", "None", ")", ":", "for", "name", "in", "new_fields", ":", "if", "name", "not", "in", "self", ".", "_fields", "and", "(", "subset", "is", "None", "or", "name", "in", "subset", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"new_fields contains an unknown field '%s'.\"", "%", "name", ")", "if", "subset", "is", "not", "None", ":", "for", "name", "in", "subset", ":", "if", "name", "not", "in", "self", ".", "_fields", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"name '%s' in subset is not a known field in self._fields.\"", "%", "name", ")", "if", "name", "not", "in", "new_fields", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"name '%s' in subset is not a known field in new_fields.\"", "%", "name", ")", "if", "subset", "is", "None", ":", "if", "len", "(", "new_fields", ")", "!=", "len", "(", "self", ".", "_fields", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"new_fields contains too many fields.\"", ")", "for", "name", ",", "attr", "in", "self", ".", "_fields", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "name", "in", "subset", ":", "attr", ".", "set", "(", "new_fields", "[", "name", "]", ")" ]

[ "Assign", "the", "registered", "fields", "based", "on", "a", "dictionary" ]

[ "def", "dump", "(", "self", ",", "filename", ")", ":", "with", "open", "(", "filename", ",", "\"w\"", ")", "as", "f", ":", "for", "name", "in", "sorted", "(", "self", ".", "_fields", ")", ":", "self", ".", "_fields", "[", "name", "]", ".", "dump", "(", "f", ",", "name", ")" ]

[ "Dump", "the", "registered", "fields", "to", "a", "file" ]

[ "def", "load", "(", "self", ",", "filename", ",", "subset", "=", "None", ")", ":", "with", "open", "(", "filename", ",", "\"r\"", ")", "as", "f", ":", "name", "=", "None", "num_names", "=", "0", "while", "True", ":", "# read a header line", "line", "=", "f", ".", "readline", "(", ")", "if", "len", "(", "line", ")", "==", "0", ":", "break", "# process the header line", "words", "=", "line", ".", "split", "(", ")", "name", "=", "words", "[", "0", "]", "attr", "=", "self", ".", "_fields", ".", "get", "(", "name", ")", "if", "attr", "is", "None", ":", "raise", "FileFormatError", "(", "\"Wrong header: unknown field %s\"", "%", "name", ")", "if", "not", "words", "[", "1", "]", ".", "startswith", "(", "\"kind=\"", ")", ":", "raise", "FileFormatError", "(", "\"Malformatted array header line. (kind)\"", ")", "kind", "=", "words", "[", "1", "]", "[", "5", ":", "]", "expected_kind", "=", "attr", ".", "get_kind", "(", "attr", ".", "get", "(", ")", ")", "if", "kind", "!=", "expected_kind", ":", "raise", "FileFormatError", "(", "\"Wrong header: kind of field %s does not match. Got %s, expected %s\"", "%", "(", "name", ",", "kind", ",", "expected_kind", ")", ")", "skip", "=", "(", "(", "subset", "is", "not", "None", ")", "and", "(", "name", "not", "in", "subset", ")", ")", "print", "(", "words", ")", "if", "(", "words", "[", "2", "]", ".", "startswith", "(", "\"shape=(\"", ")", "and", "words", "[", "2", "]", ".", "endswith", "(", "\")\"", ")", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "attr", ",", "ArrayAttr", ")", ":", "raise", "FileFormatError", "(", "\"field '%s' is not an array.\"", "%", "name", ")", "shape", "=", "words", "[", "2", "]", "[", "7", ":", "-", "1", "]", "if", "shape", "[", "-", "1", "]", "==", "', '", ":", "shape", "=", "shape", "[", ":", "-", "1", "]", "try", ":", "shape", "=", "tuple", "(", "int", "(", "word", ")", "for", "word", "in", "shape", ".", "split", "(", "\",\"", ")", ")", "except", "ValueError", ":", "raise", "FileFormatError", "(", "\"Malformatted array header. (shape)\"", ")", "expected_shape", "=", "attr", ".", "get", "(", ")", ".", "shape", "if", "shape", "!=", "expected_shape", ":", "raise", "FileFormatError", "(", "\"Wrong header: shape of field %s does not match. Got %s, expected %s\"", "%", "(", "name", ",", "shape", ",", "expected_shape", ")", ")", "attr", ".", "load", "(", "f", ",", "skip", ")", "elif", "words", "[", "2", "]", ".", "startswith", "(", "\"value=\"", ")", ":", "if", "not", "isinstance", "(", "attr", ",", "ScalarAttr", ")", ":", "raise", "FileFormatError", "(", "\"field '%s' is not a single value.\"", "%", "name", ")", "if", "not", "skip", ":", "if", "kind", "==", "'i'", ":", "attr", ".", "set", "(", "int", "(", "words", "[", "2", "]", "[", "6", ":", "]", ")", ")", "else", ":", "attr", ".", "set", "(", "float", "(", "words", "[", "2", "]", "[", "6", ":", "]", ")", ")", "else", ":", "raise", "FileFormatError", "(", "\"Malformatted array header line. (shape/value)\"", ")", "num_names", "+=", "1", "if", "num_names", "!=", "len", "(", "self", ".", "_fields", ")", "and", "subset", "is", "None", ":", "raise", "FileFormatError", "(", "\"Some fields are missing in the file.\"", ")" ]

[ "Load", "data", "into", "the", "registered", "fields" ]

[ "def", "_load_bond_data", "(", "self", ")", ":", "def", "read_units", "(", "unit_names", ")", ":", "\"\"\"convert unit_names into conversion factors\"\"\"", "tmp", "=", "{", "\"A\"", ":", "units", ".", "angstrom", ",", "\"pm\"", ":", "units", ".", "picometer", ",", "\"nm\"", ":", "units", ".", "nanometer", ",", "}", "return", "[", "tmp", "[", "unit_name", "]", "for", "unit_name", "in", "unit_names", "]", "def", "read_length", "(", "BOND_TYPE", ",", "words", ",", "col", ")", ":", "\"\"\"Read the bondlengths from a single line in the data file\"\"\"", "nlow", "=", "int", "(", "words", "[", "2", "]", ")", "nhigh", "=", "int", "(", "words", "[", "3", "]", ")", "for", "i", ",", "conversion", "in", "zip", "(", "range", "(", "(", "len", "(", "words", ")", "-", "4", ")", "//", "3", ")", ",", "conversions", ")", ":", "word", "=", "words", "[", "col", "+", "3", "+", "i", "*", "3", "]", "if", "word", "!=", "'NA'", ":", "self", ".", "lengths", "[", "BOND_TYPE", "]", "[", "frozenset", "(", "[", "nlow", ",", "nhigh", "]", ")", "]", "=", "float", "(", "word", ")", "*", "conversion", "return", "with", "pkg_resources", ".", "resource_stream", "(", "__name__", ",", "'data/bonds.csv'", ")", "as", "f", ":", "for", "line", "in", "f", ":", "words", "=", "line", ".", "decode", "(", "'utf-8'", ")", ".", "split", "(", ")", "if", "(", "len", "(", "words", ")", ">", "0", ")", "and", "(", "words", "[", "0", "]", "[", "0", "]", "!=", "\"#\"", ")", ":", "if", "words", "[", "0", "]", "==", "\"unit\"", ":", "conversions", "=", "read_units", "(", "words", "[", "1", ":", "]", ")", "else", ":", "read_length", "(", "BOND_SINGLE", ",", "words", ",", "1", ")", "read_length", "(", "BOND_DOUBLE", ",", "words", ",", "2", ")", "read_length", "(", "BOND_TRIPLE", ",", "words", ",", "3", ")" ]

[ "Load", "the", "bond", "data", "from", "the", "given", "file" ]

[ "def", "_approximate_unkown_bond_lengths", "(", "self", ")", ":", "dataset", "=", "self", ".", "lengths", "[", "BOND_SINGLE", "]", "for", "n1", "in", "periodic", ".", "iter_numbers", "(", ")", ":", "for", "n2", "in", "periodic", ".", "iter_numbers", "(", ")", ":", "if", "n1", "<=", "n2", ":", "pair", "=", "frozenset", "(", "[", "n1", ",", "n2", "]", ")", "atom1", "=", "periodic", "[", "n1", "]", "atom2", "=", "periodic", "[", "n2", "]", "#if (pair not in dataset) and hasattr(atom1, \"covalent_radius\") and hasattr(atom2, \"covalent_radius\"):", "if", "(", "pair", "not", "in", "dataset", ")", "and", "(", "atom1", ".", "covalent_radius", "is", "not", "None", ")", "and", "(", "atom2", ".", "covalent_radius", "is", "not", "None", ")", ":", "dataset", "[", "pair", "]", "=", "(", "atom1", ".", "covalent_radius", "+", "atom2", ".", "covalent_radius", ")" ]

[ "Completes", "the", "bond", "length", "database", "with", "approximations", "based", "on", "VDW", "radii" ]

[ "def", "bonded", "(", "self", ",", "n1", ",", "n2", ",", "distance", ")", ":", "if", "distance", ">", "self", ".", "max_length", "*", "self", ".", "bond_tolerance", ":", "return", "None", "deviation", "=", "0.0", "pair", "=", "frozenset", "(", "[", "n1", ",", "n2", "]", ")", "result", "=", "None", "for", "bond_type", "in", "bond_types", ":", "bond_length", "=", "self", ".", "lengths", "[", "bond_type", "]", ".", "get", "(", "pair", ")", "if", "(", "bond_length", "is", "not", "None", ")", "and", "(", "distance", "<", "bond_length", "*", "self", ".", "bond_tolerance", ")", ":", "if", "result", "is", "None", ":", "result", "=", "bond_type", "deviation", "=", "abs", "(", "bond_length", "-", "distance", ")", "else", ":", "new_deviation", "=", "abs", "(", "bond_length", "-", "distance", ")", "if", "deviation", ">", "new_deviation", ":", "result", "=", "bond_type", "deviation", "=", "new_deviation", "return", "result" ]

[ "Return", "the", "estimated", "bond", "type" ]

[ "def", "get_length", "(", "self", ",", "n1", ",", "n2", ",", "bond_type", "=", "BOND_SINGLE", ")", ":", "dataset", "=", "self", ".", "lengths", ".", "get", "(", "bond_type", ")", "if", "dataset", "==", "None", ":", "return", "None", "return", "dataset", ".", "get", "(", "frozenset", "(", "[", "n1", ",", "n2", "]", ")", ")" ]

[ "Return", "the", "length", "of", "a", "bond", "between", "n1", "and", "n2", "of", "type", "bond_type" ]

[ "def", "from_parameters3", "(", "cls", ",", "lengths", ",", "angles", ")", ":", "for", "length", "in", "lengths", ":", "if", "length", "<=", "0", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"The length parameters must be strictly positive.\"", ")", "for", "angle", "in", "angles", ":", "if", "angle", "<=", "0", "or", "angle", ">=", "np", ".", "pi", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"The angle parameters must lie in the range ]0 deg, 180 deg[.\"", ")", "del", "length", "del", "angle", "matrix", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "3", ",", "3", ")", ",", "float", ")", "# first cell vector along x-axis", "matrix", "[", "0", ",", "0", "]", "=", "lengths", "[", "0", "]", "# second cell vector in x-y plane", "matrix", "[", "0", ",", "1", "]", "=", "np", ".", "cos", "(", "angles", "[", "2", "]", ")", "*", "lengths", "[", "1", "]", "matrix", "[", "1", ",", "1", "]", "=", "np", ".", "sin", "(", "angles", "[", "2", "]", ")", "*", "lengths", "[", "1", "]", "# Finding the third cell vector is slightly more difficult. :-)", "# It works like this:", "# The dot products of a with c, b with c and c with c are known. the", "# vector a has only an x component, b has no z component. This results", "# in the following equations:", "u_a", "=", "lengths", "[", "0", "]", "*", "lengths", "[", "2", "]", "*", "np", ".", "cos", "(", "angles", "[", "1", "]", ")", "u_b", "=", "lengths", "[", "1", "]", "*", "lengths", "[", "2", "]", "*", "np", ".", "cos", "(", "angles", "[", "0", "]", ")", "matrix", "[", "0", ",", "2", "]", "=", "u_a", "/", "matrix", "[", "0", ",", "0", "]", "matrix", "[", "1", ",", "2", "]", "=", "(", "u_b", "-", "matrix", "[", "0", ",", "1", "]", "*", "matrix", "[", "0", ",", "2", "]", ")", "/", "matrix", "[", "1", ",", "1", "]", "u_c", "=", "lengths", "[", "2", "]", "**", "2", "-", "matrix", "[", "0", ",", "2", "]", "**", "2", "-", "matrix", "[", "1", ",", "2", "]", "**", "2", "if", "u_c", "<", "0", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"The given cell parameters do not correspond to a unit cell.\"", ")", "matrix", "[", "2", ",", "2", "]", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "u_c", ")", "active", "=", "np", ".", "ones", "(", "3", ",", "bool", ")", "return", "cls", "(", "matrix", ",", "active", ")" ]

[ "Construct", "a", "3D", "unit", "cell", "with", "the", "given", "parameters" ]

[ "def", "volume", "(", "self", ")", ":", "active", "=", "self", ".", "active_inactive", "[", "0", "]", "if", "len", "(", "active", ")", "==", "0", ":", "return", "-", "1", "elif", "len", "(", "active", ")", "==", "1", ":", "return", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "active", "[", "0", "]", "]", ")", "elif", "len", "(", "active", ")", "==", "2", ":", "return", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "np", ".", "cross", "(", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "active", "[", "0", "]", "]", ",", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "active", "[", "1", "]", "]", ")", ")", "elif", "len", "(", "active", ")", "==", "3", ":", "return", "abs", "(", "np", ".", "linalg", ".", "det", "(", "self", ".", "matrix", ")", ")" ]

[ "The", "volume", "of", "the", "unit", "cell" ]

[ "def", "active_inactive", "(", "self", ")", ":", "active_indices", "=", "[", "]", "inactive_indices", "=", "[", "]", "for", "index", ",", "active", "in", "enumerate", "(", "self", ".", "active", ")", ":", "if", "active", ":", "active_indices", ".", "append", "(", "index", ")", "else", ":", "inactive_indices", ".", "append", "(", "index", ")", "return", "active_indices", ",", "inactive_indices" ]

[ "The", "indexes", "of", "the", "active", "and", "the", "inactive", "cell", "vectors" ]

[ "def", "reciprocal", "(", "self", ")", ":", "U", ",", "S", ",", "Vt", "=", "np", ".", "linalg", ".", "svd", "(", "self", ".", "matrix", "*", "self", ".", "active", ")", "Sinv", "=", "np", ".", "zeros", "(", "S", ".", "shape", ",", "float", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "3", ")", ":", "if", "abs", "(", "S", "[", "i", "]", ")", "<", "self", ".", "eps", ":", "Sinv", "[", "i", "]", "=", "0.0", "else", ":", "Sinv", "[", "i", "]", "=", "1.0", "/", "S", "[", "i", "]", "return", "np", ".", "dot", "(", "U", "*", "Sinv", ",", "Vt", ")", "*", "self", ".", "active" ]

[ "The", "reciprocal", "of", "the", "unit", "cell" ]

[ "def", "parameters", "(", "self", ")", ":", "length_a", "=", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "0", "]", ")", "length_b", "=", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "1", "]", ")", "length_c", "=", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "2", "]", ")", "alpha", "=", "np", ".", "arccos", "(", "np", ".", "dot", "(", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "1", "]", ",", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "2", "]", ")", "/", "(", "length_b", "*", "length_c", ")", ")", "beta", "=", "np", ".", "arccos", "(", "np", ".", "dot", "(", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "2", "]", ",", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "0", "]", ")", "/", "(", "length_c", "*", "length_a", ")", ")", "gamma", "=", "np", ".", "arccos", "(", "np", ".", "dot", "(", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "0", "]", ",", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "1", "]", ")", "/", "(", "length_a", "*", "length_b", ")", ")", "return", "(", "np", ".", "array", "(", "[", "length_a", ",", "length_b", ",", "length_c", "]", ",", "float", ")", ",", "np", ".", "array", "(", "[", "alpha", ",", "beta", ",", "gamma", "]", ",", "float", ")", ")" ]

[ "The", "cell", "parameters", "(", "lengths", "and", "angles", ")" ]

[ "def", "ordered", "(", "self", ")", ":", "active", ",", "inactive", "=", "self", ".", "active_inactive", "order", "=", "active", "+", "inactive", "return", "UnitCell", "(", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "order", "]", ",", "self", ".", "active", "[", "order", "]", ")" ]

[ "An", "equivalent", "unit", "cell", "with", "the", "active", "cell", "vectors", "coming", "first" ]

[ "def", "alignment_a", "(", "self", ")", ":", "from", "molmod", ".", "transformations", "import", "Rotation", "new_x", "=", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "0", "]", ".", "copy", "(", ")", "new_x", "/=", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "new_x", ")", "new_z", "=", "np", ".", "cross", "(", "new_x", ",", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "1", "]", ")", "new_z", "/=", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "new_z", ")", "new_y", "=", "np", ".", "cross", "(", "new_z", ",", "new_x", ")", "new_y", "/=", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "new_y", ")", "return", "Rotation", "(", "np", ".", "array", "(", "[", "new_x", ",", "new_y", ",", "new_z", "]", ")", ")" ]

[ "Computes", "the", "rotation", "matrix", "that", "aligns", "the", "unit", "cell", "with", "the", "Cartesian", "axes", "starting", "with", "cell", "vector", "a", "." ]

[ "def", "spacings", "(", "self", ")", ":", "result_invsq", "=", "(", "self", ".", "reciprocal", "**", "2", ")", ".", "sum", "(", "axis", "=", "0", ")", "result", "=", "np", ".", "zeros", "(", "3", ",", "float", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "3", ")", ":", "if", "result_invsq", "[", "i", "]", ">", "0", ":", "result", "[", "i", "]", "=", "result_invsq", "[", "i", "]", "**", "(", "-", "0.5", ")", "return", "result" ]

[ "Computes", "the", "distances", "between", "neighboring", "crystal", "planes" ]

[ "def", "add_cell_vector", "(", "self", ",", "vector", ")", ":", "act", "=", "self", ".", "active_inactive", "[", "0", "]", "if", "len", "(", "act", ")", "==", "3", ":", "raise", "ValueError", "(", "\"The unit cell already has three active cell vectors.\"", ")", "matrix", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "3", ",", "3", ")", ",", "float", ")", "active", "=", "np", ".", "zeros", "(", "3", ",", "bool", ")", "if", "len", "(", "act", ")", "==", "0", ":", "# Add the new vector", "matrix", "[", ":", ",", "0", "]", "=", "vector", "active", "[", "0", "]", "=", "True", "return", "UnitCell", "(", "matrix", ",", "active", ")", "a", "=", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "act", "[", "0", "]", "]", "matrix", "[", ":", ",", "0", "]", "=", "a", "active", "[", "0", "]", "=", "True", "if", "len", "(", "act", ")", "==", "1", ":", "# Add the new vector", "matrix", "[", ":", ",", "1", "]", "=", "vector", "active", "[", "1", "]", "=", "True", "return", "UnitCell", "(", "matrix", ",", "active", ")", "b", "=", "self", ".", "matrix", "[", ":", ",", "act", "[", "1", "]", "]", "matrix", "[", ":", ",", "1", "]", "=", "b", "active", "[", "1", "]", "=", "True", "if", "len", "(", "act", ")", "==", "2", ":", "# Add the new vector", "matrix", "[", ":", ",", "2", "]", "=", "vector", "active", "[", "2", "]", "=", "True", "return", "UnitCell", "(", "matrix", ",", "active", ")" ]

[ "Returns", "a", "new", "unit", "cell", "with", "an", "additional", "cell", "vector" ]

[ "def", "get_radius_ranges", "(", "self", ",", "radius", ",", "mic", "=", "False", ")", ":", "result", "=", "np", ".", "zeros", "(", "3", ",", "int", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "3", ")", ":", "if", "self", ".", "spacings", "[", "i", "]", ">", "0", ":", "if", "mic", ":", "result", "[", "i", "]", "=", "np", ".", "ceil", "(", "radius", "/", "self", ".", "spacings", "[", "i", "]", "-", "0.5", ")", "else", ":", "result", "[", "i", "]", "=", "np", ".", "ceil", "(", "radius", "/", "self", ".", "spacings", "[", "i", "]", ")", "return", "result" ]

[ "Return", "ranges", "of", "indexes", "of", "the", "interacting", "neighboring", "unit", "cells" ]

[ "def", "get_radius_indexes", "(", "self", ",", "radius", ",", "max_ranges", "=", "None", ")", ":", "if", "max_ranges", "is", "None", ":", "max_ranges", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "-", "1", ",", "-", "1", ",", "-", "1", "]", ")", "ranges", "=", "self", ".", "get_radius_ranges", "(", "radius", ")", "*", "2", "+", "1", "mask", "=", "(", "max_ranges", "!=", "-", "1", ")", "&", "(", "max_ranges", "<", "ranges", ")", "ranges", "[", "mask", "]", "=", "max_ranges", "[", "mask", "]", "max_size", "=", "np", ".", "product", "(", "self", ".", "get_radius_ranges", "(", "radius", ")", "*", "2", "+", "1", ")", "indexes", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "max_size", ",", "3", ")", ",", "int", ")", "from", "molmod", ".", "ext", "import", "unit_cell_get_radius_indexes", "reciprocal", "=", "self", ".", "reciprocal", "*", "self", ".", "active", "matrix", "=", "self", ".", "matrix", "*", "self", ".", "active", "size", "=", "unit_cell_get_radius_indexes", "(", "matrix", ",", "reciprocal", ",", "radius", ",", "max_ranges", ",", "indexes", ")", "return", "indexes", "[", ":", "size", "]" ]

[ "Return", "the", "indexes", "of", "the", "interacting", "neighboring", "unit", "cells" ]

[ "def", "guess_geometry", "(", "graph", ",", "unit_cell", "=", "None", ",", "verbose", "=", "False", ")", ":", "N", "=", "len", "(", "graph", ".", "numbers", ")", "from", "molmod", ".", "minimizer", "import", "Minimizer", ",", "ConjugateGradient", ",", "NewtonLineSearch", ",", "ConvergenceCondition", ",", "StopLossCondition", "search_direction", "=", "ConjugateGradient", "(", ")", "line_search", "=", "NewtonLineSearch", "(", ")", "convergence", "=", "ConvergenceCondition", "(", "grad_rms", "=", "1e-6", ",", "step_rms", "=", "1e-6", ")", "stop_loss", "=", "StopLossCondition", "(", "max_iter", "=", "500", ",", "fun_margin", "=", "0.1", ")", "ff", "=", "ToyFF", "(", "graph", ",", "unit_cell", ")", "x_init", "=", "np", ".", "random", ".", "normal", "(", "0", ",", "1", ",", "N", "*", "3", ")", "# level 1 geometry optimization: graph based", "ff", ".", "dm_quad", "=", "1.0", "minimizer", "=", "Minimizer", "(", "x_init", ",", "ff", ",", "search_direction", ",", "line_search", ",", "convergence", ",", "stop_loss", ",", "anagrad", "=", "True", ",", "verbose", "=", "verbose", ")", "x_init", "=", "minimizer", ".", "x", "# level 2 geometry optimization: graph based + pauli repulsion", "ff", ".", "dm_quad", "=", "1.0", "ff", ".", "dm_reci", "=", "1.0", "minimizer", "=", "Minimizer", "(", "x_init", ",", "ff", ",", "search_direction", ",", "line_search", ",", "convergence", ",", "stop_loss", ",", "anagrad", "=", "True", ",", "verbose", "=", "verbose", ")", "x_init", "=", "minimizer", ".", "x", "# Add a little noise to avoid saddle points", "x_init", "+=", "np", ".", "random", ".", "uniform", "(", "-", "0.01", ",", "0.01", ",", "len", "(", "x_init", ")", ")", "# level 3 geometry optimization: bond lengths + pauli", "ff", ".", "dm_quad", "=", "0.0", "ff", ".", "dm_reci", "=", "0.2", "ff", ".", "bond_quad", "=", "1.0", "minimizer", "=", "Minimizer", "(", "x_init", ",", "ff", ",", "search_direction", ",", "line_search", ",", "convergence", ",", "stop_loss", ",", "anagrad", "=", "True", ",", "verbose", "=", "verbose", ")", "x_init", "=", "minimizer", ".", "x", "# level 4 geometry optimization: bond lengths + bending angles + pauli", "ff", ".", "bond_quad", "=", "0.0", "ff", ".", "bond_hyper", "=", "1.0", "ff", ".", "span_quad", "=", "1.0", "minimizer", "=", "Minimizer", "(", "x_init", ",", "ff", ",", "search_direction", ",", "line_search", ",", "convergence", ",", "stop_loss", ",", "anagrad", "=", "True", ",", "verbose", "=", "verbose", ")", "x_init", "=", "minimizer", ".", "x", "x_opt", "=", "x_init", "mol", "=", "Molecule", "(", "graph", ".", "numbers", ",", "x_opt", ".", "reshape", "(", "(", "N", ",", "3", ")", ")", ")", "return", "mol" ]

[ "Construct", "a", "molecular", "geometry", "based", "on", "a", "molecular", "graph", "." ]

[ "def", "tune_geometry", "(", "graph", ",", "mol", ",", "unit_cell", "=", "None", ",", "verbose", "=", "False", ")", ":", "N", "=", "len", "(", "graph", ".", "numbers", ")", "from", "molmod", ".", "minimizer", "import", "Minimizer", ",", "ConjugateGradient", ",", "NewtonLineSearch", ",", "ConvergenceCondition", ",", "StopLossCondition", "search_direction", "=", "ConjugateGradient", "(", ")", "line_search", "=", "NewtonLineSearch", "(", ")", "convergence", "=", "ConvergenceCondition", "(", "grad_rms", "=", "1e-6", ",", "step_rms", "=", "1e-6", ")", "stop_loss", "=", "StopLossCondition", "(", "max_iter", "=", "500", ",", "fun_margin", "=", "1.0", ")", "ff", "=", "ToyFF", "(", "graph", ",", "unit_cell", ")", "x_init", "=", "mol", ".", "coordinates", ".", "ravel", "(", ")", "# level 3 geometry optimization: bond lengths + pauli", "ff", ".", "dm_reci", "=", "0.2", "ff", ".", "bond_quad", "=", "1.0", "minimizer", "=", "Minimizer", "(", "x_init", ",", "ff", ",", "search_direction", ",", "line_search", ",", "convergence", ",", "stop_loss", ",", "anagrad", "=", "True", ",", "verbose", "=", "verbose", ")", "x_init", "=", "minimizer", ".", "x", "# level 4 geometry optimization: bond lengths + bending angles + pauli", "ff", ".", "bond_quad", "=", "0.0", "ff", ".", "bond_hyper", "=", "1.0", "ff", ".", "span_quad", "=", "1.0", "minimizer", "=", "Minimizer", "(", "x_init", ",", "ff", ",", "search_direction", ",", "line_search", ",", "convergence", ",", "stop_loss", ",", "anagrad", "=", "True", ",", "verbose", "=", "verbose", ")", "x_init", "=", "minimizer", ".", "x", "x_opt", "=", "x_init", "mol", "=", "Molecule", "(", "graph", ".", "numbers", ",", "x_opt", ".", "reshape", "(", "(", "N", ",", "3", ")", ")", ")", "return", "mol" ]

[ "Fine", "tune", "a", "molecular", "geometry", "starting", "from", "a", "(", "very", ")", "poor", "guess", "of", "the", "initial", "geometry", "." ]

[ "def", "update_coordinates", "(", "self", ",", "coordinates", "=", "None", ")", ":", "if", "coordinates", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "coordinates", "=", "coordinates", "self", ".", "numc", "=", "len", "(", "self", ".", "coordinates", ")", "self", ".", "distances", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "self", ".", "numc", ",", "self", ".", "numc", ")", ",", "float", ")", "self", ".", "deltas", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "self", ".", "numc", ",", "self", ".", "numc", ",", "3", ")", ",", "float", ")", "self", ".", "directions", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "self", ".", "numc", ",", "self", ".", "numc", ",", "3", ")", ",", "float", ")", "self", ".", "dirouters", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "self", ".", "numc", ",", "self", ".", "numc", ",", "3", ",", "3", ")", ",", "float", ")", "for", "index1", ",", "coordinate1", "in", "enumerate", "(", "self", ".", "coordinates", ")", ":", "for", "index2", ",", "coordinate2", "in", "enumerate", "(", "self", ".", "coordinates", ")", ":", "delta", "=", "coordinate1", "-", "coordinate2", "self", ".", "deltas", "[", "index1", ",", "index2", "]", "=", "delta", "distance", "=", "np", ".", "linalg", ".", "norm", "(", "delta", ")", "self", ".", "distances", "[", "index1", ",", "index2", "]", "=", "distance", "if", "index1", "!=", "index2", ":", "tmp", "=", "delta", "/", "distance", "self", ".", "directions", "[", "index1", ",", "index2", "]", "=", "tmp", "self", ".", "dirouters", "[", "index1", ",", "index2", "]", "=", "np", ".", "outer", "(", "tmp", ",", "tmp", ")" ]

[ "Update", "the", "coordinates", "(", "and", "derived", "quantities", ")" ]

[ "def", "energy", "(", "self", ")", ":", "result", "=", "0.0", "for", "index1", "in", "range", "(", "self", ".", "numc", ")", ":", "for", "index2", "in", "range", "(", "index1", ")", ":", "if", "self", ".", "scaling", "[", "index1", ",", "index2", "]", ">", "0", ":", "for", "se", ",", "ve", "in", "self", ".", "yield_pair_energies", "(", "index1", ",", "index2", ")", ":", "result", "+=", "se", "*", "ve", "*", "self", ".", "scaling", "[", "index1", ",", "index2", "]", "return", "result" ]

[ "Compute", "the", "energy", "of", "the", "system" ]

[ "def", "gradient_component", "(", "self", ",", "index1", ")", ":", "result", "=", "np", ".", "zeros", "(", "3", ",", "float", ")", "for", "index2", "in", "range", "(", "self", ".", "numc", ")", ":", "if", "self", ".", "scaling", "[", "index1", ",", "index2", "]", ">", "0", ":", "for", "(", "se", ",", "ve", ")", ",", "(", "sg", ",", "vg", ")", "in", "zip", "(", "self", ".", "yield_pair_energies", "(", "index1", ",", "index2", ")", ",", "self", ".", "yield_pair_gradients", "(", "index1", ",", "index2", ")", ")", ":", "result", "+=", "(", "sg", "*", "self", ".", "directions", "[", "index1", ",", "index2", "]", "*", "ve", "+", "se", "*", "vg", ")", "*", "self", ".", "scaling", "[", "index1", ",", "index2", "]", "return", "result" ]

[ "Compute", "the", "gradient", "of", "the", "energy", "for", "one", "atom" ]

[ "def", "gradient", "(", "self", ")", ":", "result", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "self", ".", "numc", ",", "3", ")", ",", "float", ")", "for", "index1", "in", "range", "(", "self", ".", "numc", ")", ":", "result", "[", "index1", "]", "=", "self", ".", "gradient_component", "(", "index1", ")", "return", "result" ]

[ "Compute", "the", "gradient", "of", "the", "energy", "for", "all", "atoms" ]

[ "def", "hessian_component", "(", "self", ",", "index1", ",", "index2", ")", ":", "result", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "3", ",", "3", ")", ",", "float", ")", "if", "index1", "==", "index2", ":", "for", "index3", "in", "range", "(", "self", ".", "numc", ")", ":", "if", "self", ".", "scaling", "[", "index1", ",", "index3", "]", ">", "0", ":", "d_1", "=", "1", "/", "self", ".", "distances", "[", "index1", ",", "index3", "]", "for", "(", "se", ",", "ve", ")", ",", "(", "sg", ",", "vg", ")", ",", "(", "sh", ",", "vh", ")", "in", "zip", "(", "self", ".", "yield_pair_energies", "(", "index1", ",", "index3", ")", ",", "self", ".", "yield_pair_gradients", "(", "index1", ",", "index3", ")", ",", "self", ".", "yield_pair_hessians", "(", "index1", ",", "index3", ")", ")", ":", "result", "+=", "(", "+", "sh", "*", "self", ".", "dirouters", "[", "index1", ",", "index3", "]", "*", "ve", "+", "sg", "*", "(", "np", ".", "identity", "(", "3", ",", "float", ")", "-", "self", ".", "dirouters", "[", "index1", ",", "index3", "]", ")", "*", "ve", "*", "d_1", "+", "sg", "*", "np", ".", "outer", "(", "self", ".", "directions", "[", "index1", ",", "index3", "]", ",", "vg", ")", "+", "sg", "*", "np", ".", "outer", "(", "vg", ",", "self", ".", "directions", "[", "index1", ",", "index3", "]", ")", "+", "se", "*", "vh", ")", "*", "self", ".", "scaling", "[", "index1", ",", "index3", "]", "elif", "self", ".", "scaling", "[", "index1", ",", "index2", "]", ">", "0", ":", "d_1", "=", "1", "/", "self", ".", "distances", "[", "index1", ",", "index2", "]", "for", "(", "se", ",", "ve", ")", ",", "(", "sg", ",", "vg", ")", ",", "(", "sh", ",", "vh", ")", "in", "zip", "(", "self", ".", "yield_pair_energies", "(", "index1", ",", "index2", ")", ",", "self", ".", "yield_pair_gradients", "(", "index1", ",", "index2", ")", ",", "self", ".", "yield_pair_hessians", "(", "index1", ",", "index2", ")", ")", ":", "result", "-=", "(", "+", "sh", "*", "self", ".", "dirouters", "[", "index1", ",", "index2", "]", "*", "ve", "+", "sg", "*", "(", "np", ".", "identity", "(", "3", ",", "float", ")", "-", "self", ".", "dirouters", "[", "index1", ",", "index2", "]", ")", "*", "ve", "*", "d_1", "+", "sg", "*", "np", ".", "outer", "(", "self", ".", "directions", "[", "index1", ",", "index2", "]", ",", "vg", ")", "+", "sg", "*", "np", ".", "outer", "(", "vg", ",", "self", ".", "directions", "[", "index1", ",", "index2", "]", ")", "+", "se", "*", "vh", ")", "*", "self", ".", "scaling", "[", "index1", ",", "index2", "]", "return", "result" ]

[ "Compute", "the", "hessian", "of", "the", "energy", "for", "one", "atom", "pair" ]

[ "def", "hessian", "(", "self", ")", ":", "result", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "self", ".", "numc", ",", "3", ",", "self", ".", "numc", ",", "3", ")", ",", "float", ")", "for", "index1", "in", "range", "(", "self", ".", "numc", ")", ":", "for", "index2", "in", "range", "(", "self", ".", "numc", ")", ":", "result", "[", "index1", ",", ":", ",", "index2", ",", ":", "]", "=", "self", ".", "hessian_component", "(", "index1", ",", "index2", ")", "return", "result" ]

[ "Compute", "the", "hessian", "of", "the", "energy" ]

[ "def", "yield_pair_energies", "(", "self", ",", "index1", ",", "index2", ")", ":", "d_1", "=", "1", "/", "self", ".", "distances", "[", "index1", ",", "index2", "]", "if", "self", ".", "charges", "is", "not", "None", ":", "c1", "=", "self", ".", "charges", "[", "index1", "]", "c2", "=", "self", ".", "charges", "[", "index2", "]", "yield", "c1", "*", "c2", "*", "d_1", ",", "1", "if", "self", ".", "dipoles", "is", "not", "None", ":", "d_3", "=", "d_1", "**", "3", "d_5", "=", "d_1", "**", "5", "delta", "=", "self", ".", "deltas", "[", "index1", ",", "index2", "]", "p1", "=", "self", ".", "dipoles", "[", "index1", "]", "p2", "=", "self", ".", "dipoles", "[", "index2", "]", "yield", "d_3", "*", "np", ".", "dot", "(", "p1", ",", "p2", ")", ",", "1", "yield", "-", "3", "*", "d_5", ",", "np", ".", "dot", "(", "p1", ",", "delta", ")", "*", "np", ".", "dot", "(", "delta", ",", "p2", ")", "if", "self", ".", "charges", "is", "not", "None", ":", "yield", "c1", "*", "d_3", ",", "np", ".", "dot", "(", "p2", ",", "delta", ")", "yield", "c2", "*", "d_3", ",", "np", ".", "dot", "(", "p1", ",", "-", "delta", ")" ]

[ "Yields", "pairs", "((", "s", "(", "r_ij", ")", "v", "(", "bar", "{", "r", "}", "_ij", "))" ]

[ "def", "yield_pair_gradients", "(", "self", ",", "index1", ",", "index2", ")", ":", "d_2", "=", "1", "/", "self", ".", "distances", "[", "index1", ",", "index2", "]", "**", "2", "if", "self", ".", "charges", "is", "not", "None", ":", "c1", "=", "self", ".", "charges", "[", "index1", "]", "c2", "=", "self", ".", "charges", "[", "index2", "]", "yield", "-", "c1", "*", "c2", "*", "d_2", ",", "np", ".", "zeros", "(", "3", ")", "if", "self", ".", "dipoles", "is", "not", "None", ":", "d_4", "=", "d_2", "**", "2", "d_6", "=", "d_2", "**", "3", "delta", "=", "self", ".", "deltas", "[", "index1", ",", "index2", "]", "p1", "=", "self", ".", "dipoles", "[", "index1", "]", "p2", "=", "self", ".", "dipoles", "[", "index2", "]", "yield", "-", "3", "*", "d_4", "*", "np", ".", "dot", "(", "p1", ",", "p2", ")", ",", "np", ".", "zeros", "(", "3", ")", "yield", "15", "*", "d_6", ",", "p1", "*", "np", ".", "dot", "(", "p2", ",", "delta", ")", "+", "p2", "*", "np", ".", "dot", "(", "p1", ",", "delta", ")", "if", "self", ".", "charges", "is", "not", "None", ":", "yield", "-", "3", "*", "c1", "*", "d_4", ",", "p2", "yield", "-", "3", "*", "c2", "*", "d_4", ",", "-", "p1" ]

[ "Yields", "pairs", "((", "s", "(", "r_ij", ")", "grad_i", "v", "(", "bar", "{", "r", "}", "_ij", "))" ]

[ "def", "yield_pair_hessians", "(", "self", ",", "index1", ",", "index2", ")", ":", "d_1", "=", "1", "/", "self", ".", "distances", "[", "index1", ",", "index2", "]", "d_3", "=", "d_1", "**", "3", "if", "self", ".", "charges", "is", "not", "None", ":", "c1", "=", "self", ".", "charges", "[", "index1", "]", "c2", "=", "self", ".", "charges", "[", "index2", "]", "yield", "2", "*", "c1", "*", "c2", "*", "d_3", ",", "np", ".", "zeros", "(", "(", "3", ",", "3", ")", ")", "if", "self", ".", "dipoles", "is", "not", "None", ":", "d_5", "=", "d_1", "**", "5", "d_7", "=", "d_1", "**", "7", "p1", "=", "self", ".", "dipoles", "[", "index1", "]", "p2", "=", "self", ".", "dipoles", "[", "index2", "]", "yield", "12", "*", "d_5", "*", "np", ".", "dot", "(", "p1", ",", "p2", ")", ",", "np", ".", "zeros", "(", "(", "3", ",", "3", ")", ")", "yield", "-", "90", "*", "d_7", ",", "np", ".", "outer", "(", "p1", ",", "p2", ")", "+", "np", ".", "outer", "(", "p2", ",", "p1", ")", "if", "self", ".", "charges", "is", "not", "None", ":", "yield", "12", "*", "c1", "*", "d_5", ",", "np", ".", "zeros", "(", "(", "3", ",", "3", ")", ")", "yield", "12", "*", "c2", "*", "d_5", ",", "np", ".", "zeros", "(", "(", "3", ",", "3", ")", ")" ]

[ "Yields", "pairs", "((", "s", "(", "r_ij", ")", "grad_i", "(", "x", ")", "grad_i", "v", "(", "bar", "{", "r", "}", "_ij", "))" ]

[ "def", "esp", "(", "self", ")", ":", "result", "=", "np", ".", "zeros", "(", "self", ".", "numc", ",", "float", ")", "for", "index1", "in", "range", "(", "self", ".", "numc", ")", ":", "result", "[", "index1", "]", "=", "self", ".", "esp_component", "(", "index1", ")", "return", "result" ]

[ "Compute", "the", "electrostatic", "potential", "at", "each", "atom", "due", "to", "other", "atoms" ]

[ "def", "efield", "(", "self", ")", ":", "result", "=", "np", ".", "zeros", "(", "(", "self", ".", "numc", ",", "3", ")", ",", "float", ")", "for", "index1", "in", "range", "(", "self", ".", "numc", ")", ":", "result", "[", "index1", "]", "=", "self", ".", "efield_component", "(", "index1", ")", "return", "result" ]

[ "Compute", "the", "electrostatic", "potential", "at", "each", "atom", "due", "to", "other", "atoms" ]

[ "def", "yield_pair_energies", "(", "self", ",", "index1", ",", "index2", ")", ":", "strength", "=", "self", ".", "strengths", "[", "index1", ",", "index2", "]", "distance", "=", "self", ".", "distances", "[", "index1", ",", "index2", "]", "yield", "strength", "*", "distance", "**", "(", "-", "6", ")", ",", "1" ]

[ "Yields", "pairs", "((", "s", "(", "r_ij", ")", "v", "(", "bar", "{", "r", "}", "_ij", "))" ]

[ "def", "yield_pair_gradients", "(", "self", ",", "index1", ",", "index2", ")", ":", "strength", "=", "self", ".", "strengths", "[", "index1", ",", "index2", "]", "distance", "=", "self", ".", "distances", "[", "index1", ",", "index2", "]", "yield", "-", "6", "*", "strength", "*", "distance", "**", "(", "-", "7", ")", ",", "np", ".", "zeros", "(", "3", ")" ]

[ "Yields", "pairs", "((", "s", "(", "r_ij", ")", "grad_i", "v", "(", "bar", "{", "r", "}", "_ij", "))" ]

[ "def", "yield_pair_energies", "(", "self", ",", "index1", ",", "index2", ")", ":", "A", "=", "self", ".", "As", "[", "index1", ",", "index2", "]", "B", "=", "self", ".", "Bs", "[", "index1", ",", "index2", "]", "distance", "=", "self", ".", "distances", "[", "index1", ",", "index2", "]", "yield", "A", "*", "np", ".", "exp", "(", "-", "B", "*", "distance", ")", ",", "1" ]

[ "Yields", "pairs", "((", "s", "(", "r_ij", ")", "v", "(", "bar", "{", "r", "}", "_ij", "))" ]

[ "def", "yield_pair_gradients", "(", "self", ",", "index1", ",", "index2", ")", ":", "A", "=", "self", ".", "As", "[", "index1", ",", "index2", "]", "B", "=", "self", ".", "Bs", "[", "index1", ",", "index2", "]", "distance", "=", "self", ".", "distances", "[", "index1", ",", "index2", "]", "yield", "-", "B", "*", "A", "*", "np", ".", "exp", "(", "-", "B", "*", "distance", ")", ",", "np", ".", "zeros", "(", "3", ")" ]

[ "Yields", "pairs", "((", "s", "(", "r_ij", ")", "grad_i", "v", "(", "bar", "{", "r", "}", "_ij", "))" ]

[ "def", "load_cml", "(", "cml_filename", ")", ":", "parser", "=", "make_parser", "(", ")", "parser", ".", "setFeature", "(", "feature_namespaces", ",", "0", ")", "dh", "=", "CMLMoleculeLoader", "(", ")", "parser", ".", "setContentHandler", "(", "dh", ")", "parser", ".", "parse", "(", "cml_filename", ")", "return", "dh", ".", "molecules" ]

[ "Load", "the", "molecules", "from", "a", "CML", "file" ]

[ "def", "_dump_cml_molecule", "(", "f", ",", "molecule", ")", ":", "extra", "=", "getattr", "(", "molecule", ",", "\"extra\"", ",", "{", "}", ")", "attr_str", "=", "\" \"", ".", "join", "(", "\"%s='%s'\"", "%", "(", "key", ",", "value", ")", "for", "key", ",", "value", "in", "extra", ".", "items", "(", ")", ")", "f", ".", "write", "(", "\" <molecule id='%s' %s>\\n\"", "%", "(", "molecule", ".", "title", ",", "attr_str", ")", ")", "f", ".", "write", "(", "\" <atomArray>\\n\"", ")", "atoms_extra", "=", "getattr", "(", "molecule", ",", "\"atoms_extra\"", ",", "{", "}", ")", "for", "counter", ",", "number", ",", "coordinate", "in", "zip", "(", "range", "(", "molecule", ".", "size", ")", ",", "molecule", ".", "numbers", ",", "molecule", ".", "coordinates", "/", "angstrom", ")", ":", "atom_extra", "=", "atoms_extra", ".", "get", "(", "counter", ",", "{", "}", ")", "attr_str", "=", "\" \"", ".", "join", "(", "\"%s='%s'\"", "%", "(", "key", ",", "value", ")", "for", "key", ",", "value", "in", "atom_extra", ".", "items", "(", ")", ")", "f", ".", "write", "(", "\" <atom id='a%i' elementType='%s' x3='%s' y3='%s' z3='%s' %s />\\n\"", "%", "(", "counter", ",", "periodic", "[", "number", "]", ".", "symbol", ",", "coordinate", "[", "0", "]", ",", "coordinate", "[", "1", "]", ",", "coordinate", "[", "2", "]", ",", "attr_str", ",", ")", ")", "f", ".", "write", "(", "\" </atomArray>\\n\"", ")", "if", "molecule", ".", "graph", "is", "not", "None", ":", "bonds_extra", "=", "getattr", "(", "molecule", ",", "\"bonds_extra\"", ",", "{", "}", ")", "f", ".", "write", "(", "\" <bondArray>\\n\"", ")", "for", "edge", "in", "molecule", ".", "graph", ".", "edges", ":", "bond_extra", "=", "bonds_extra", ".", "get", "(", "edge", ",", "{", "}", ")", "attr_str", "=", "\" \"", ".", "join", "(", "\"%s='%s'\"", "%", "(", "key", ",", "value", ")", "for", "key", ",", "value", "in", "bond_extra", ".", "items", "(", ")", ")", "i1", ",", "i2", "=", "edge", "f", ".", "write", "(", "\" <bond atomRefs2='a%i a%i' %s />\\n\"", "%", "(", "i1", ",", "i2", ",", "attr_str", ")", ")", "f", ".", "write", "(", "\" </bondArray>\\n\"", ")", "f", ".", "write", "(", "\" </molecule>\\n\"", ")" ]

[ "Dump", "a", "single", "molecule", "to", "a", "CML", "file" ]

[ "def", "dump_cml", "(", "f", ",", "molecules", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "f", ",", "str", ")", ":", "f", "=", "open", "(", "f", ",", "\"w\"", ")", "close", "=", "True", "else", ":", "close", "=", "False", "f", ".", "write", "(", "\"<?xml version='1.0'?>\\n\"", ")", "f", ".", "write", "(", "\"<list xmlns='http://www.xml-cml.org/schema'>\\n\"", ")", "for", "molecule", "in", "molecules", ":", "_dump_cml_molecule", "(", "f", ",", "molecule", ")", "f", ".", "write", "(", "\"</list>\\n\"", ")", "if", "close", ":", "f", ".", "close", "(", ")" ]

[ "Write", "a", "list", "of", "molecules", "to", "a", "CML", "file" ]